การใช้สเต็มเซลล์บำบัดสามารถแยกออกเป็น 3 ประเภท ดังนี้

1. ใช้เซลล์ต้นกำเนิดที่ได้มาจากของตัวเอง หรือที่เรียกว่า Autologous Stem Cell Transplantation
2. ใช้เซลล์ต้นกำเนิดที่ได้จากบุคคลอื่นที่เป็นสปีชี่ย์เดียวกัน หรือที่เรียกว่า Allogeneic Stem Cell Transplatation
3. ใช้เซลล์ต้นกำเนิดที่ได้จากต่างสปีชี่ย์ หรือที่เรียกว่า Xeno Transplatation หรือ Xenograft

สเต็มเซลล์บำบัดจะแตกต่างจากเซลล์บำบัด เนื่องจากสเต็มเซลล์บำบัดนั้นจะเป็นการใช้เซลล์ต้นกำเนิดในการรักษา ต่างจากเซลล์บำบัดที่ใช้ใช้แค่ระดับเซลล์ในการบำบัดรักษา และโดยมากมักจะเป็นการใช้เซลล์ที่ได้มาจากสัตว์