สโมสรฟุตบอลกรุงธนบุรี เป็นสโมสรฟุตบอลอาชีพในประเทศไทย ตั้งอยู่ที่แขวงคลองบางบอน เขตบางบอน กรุงเทพมหานคร ปัจจุบันไม่ได้ส่งทีมลงแข่งขันสโมสรเคยได้ตำแหน่งรองชนะเลิศในการแข่งขัน ฟุตบอลชิงถ้วยพระราชทานประเภท ข. ประจำปี 2554 ทำให้ได้เลื่อนชั้นขึ้นมาแข่งในระดับอาชีพ ก่อนจะได้อันดับ 2 ใน ลีกภูมิภาค ดิวิชัน 2 โซนภาคตะวันตก ฤดูกาล 2559 ทำให้ได้เลื่อนชั้นขึ้นมาแข่งในระดับไทยลีก 3ฤดูกาล 2560 สโมสรจบฤดูกาลด้วยอันดับ 15 ในไทยลีก 3 ตอนล่าง ซึ่งเป็นอันดับสุดท้าย ทำให้ต้องตกชั้นไปแข่งในไทยลีก 4 โดยหลังจากตกชั้นสโมสรไม่ผ่าน Club Lincensing ทำให้ไม่สามารถลงแข่งขันได้ในฤดูกาลต่อมา