สโมสรฟุตบอลกรุงธนบุรี ก่อตั้งขึ้นในเดือน มิถุนายน พ.ศ. 2553 [1]โดยนายวีระชาติ สถิตไตรภพ และจดทะเบียนเป็นนิติบุคคลเพื่อดำเนินกิจการทางฟุตบอลในเชิงพาณิชย์ภายใต้ชื่อ บริษัทสโมสรฟุตบอลกรุงธนบุรี จำกัด

ฟุตบอลถ้วยพระราชทาน ข. (พ.ศ. 2553-2554)

บริษัทสโมสรฟุตบอลกรุงธนบุรี จำกัดได้เข้าถือครองกิจการของ สมาคมกีฬาคริสเตียนไทย ที่ลงแข่งขันฟุตบอลในระดับฟุตบอลชิงถ้วยพระราชทานประเภท ข. ในปลายปี พ.ศ. 2553 และได้สิทธิลงแข่งขันฟุตบอลในรายการของสมาคมฟุตบอลแห่งประเทศไทยเป็นครั้งแรกในการแข่งขันฟุตบอลชิงถ้วยพระราชทานประเภท ข. ประจำปี 2553

สโมสรลงแข่งขันอย่างเป็นทางการเป็นนัดแรกในวันที่ 25 ธันวาคม พ.ศ. 2553 ในการแข่งขันฟุตบอลชิงถ้วยพระราชทาน ข. นัดที่เอาชนะสโมสรฟุตบอลอัสสัมชัญ ธนบุรี 2–1 ที่สนามกีฬามหาวิทยาลัยมหิดล วิทยาเขตศาลายา [2] โดย ศิลา ทิมแตง เป็นผู้เล่นที่ยิงประตูแรกให้กับสโมสรในการแข่งขันอย่างเป็นทางการ

ในการแข่งขันฤดูกาลแรก สโมสรเข้าถึงรอบก่อนรองชนะเลิศ ก่อนจะพ่ายแพ้ให้กับสมาคมพนักงานหลักทรัพย์โกลเบล็ก ซึ่งเป็นทีมที่สามารถคว้าแชมป์ไปได้ในท้ายที่สุด

สโมสรฟุตบอลกรุงธนบุรีได้ส่งทีมเข้าร่วม "การแข่งขันฟุตบอลถ้วยพระราชทาน ประเภท ข ประจำปี พ.ศ. 2554" อีกครั้ง

และเมื่อเสร็จสิ้นการแข่งขัน ทีมสโมสรฟุตบอลกรุงธนบุรี ได้ตำแหน่งรองชนะเลิศ จึงทำให้มีสิทธิ์เข้าร่วม การแข่งขันใน ลีกภูมิภาค ดิวิชั่น 2 กรุงเทพและปริมณฑล 2555