2561: ไทยแลนด์ อเมเจอร์ลีก

ในการแข่งขันโซนภาคตะวันออกเฉียงเหนือตอนบน รอบคัดเลือก ขอนแก่นมอดินแดงอยู่ในกลุ่มย่อย เอ 4 ร่วมสายกับนาดูนและกระนวน โดยขอนแก่นฯ สามารถเอาชนะกระนวนไปได้ 1–0 และเอาชนะนาดูนไปได้ 5–2 ทำให้สโมสรจบอันดับที่ 1 ของตาราง ผ่านเข้าสู่รอบมินิลีกได้สำเร็จ

ในรอบมินิลีก ขอนแก่นมอดินแดงอยู่ในกลุ่ม เอ ร่วมสายกับตาโขน ซิตี้, หนองนาคำ และเมืองเลย โดยขอนแก่นฯ ลงแข่งขันทั้งหมด 3 นัด ชนะได้ทั้งหมด 3 นัด ยิงได้ 22 ประตู และเสียประตูเพียงลูกเดียว ทำให้ขอนแก่นฯ จบอันดับที่ 1 ของตาราง ผ่านเข้าสู่รอบชิงชนะเลิศประจำโซนภาคตะวันออกเฉียงเหนือตอนบนได้สำเร็จ

ในการแข่งขันรอบชิงชนะเลิศประจำโซนย่อยนี้ ขอนแก่นมอดินแดงต้องพบกับชุมแพ สโมสรจากจังหวัดเดียวกัน โดยขอนแก่นฯ สามารถเอาชนะชุมแพไปได้ 3–1 ผ่านเข้าไปชิงชนะเลิศกับมหาวิทยาลัยราชภัฏนครราชสีมาจากโซนภาคตะวันออกเฉียงเหนือตอนล่าง และในการแข่งขันรอบชิงชนะเลิศประจำภาคนี้ ขอนแก่นมอดินแดงก็สามารถเอาชนะมรภ.นครราชสีมาไปได้ 1–0 โดยได้ประตูชัยจากชุนากร อาจนุการ ในนาทีที่ 66 ทำให้สโมสรเลื่อนชั้นสู่ไทยลีก 4 ฤดูกาล 2562 ได้สำเร็จ[1]

2562–ปัจจุบัน: ไทยลีก 4

ในการแข่งขันไทยลีก 4 โซนภาคตะวันออกเฉียงเหนือ ขอนแก่นมอดินแดงประเดิมลงแข่งขันในลีกอาชีพนัดแรกด้วยการบุกไปเอาชนะมหาสารคาม 3–1

ในวันที่ 17 มีนาคม พ.ศ. 2562 ธนพล ศรีทอง ทำแฮตทริกให้กับขอนแก่นมอดินแดงในนัดที่ออกไปเยือนศรีสะเกษ ยูไนเต็ด เขาทำสี่ประตู ช่วยให้ขอนแก่นฯ บุกไปเอาชนะได้ 5–1[3] โดยแฮตทริกของธนพลถือเป็นแฮตทริกแรกของสโมสรในลีกอาชีพ