วันที่ 20 มกราคม พ.ศ. 2553 นายธนภณ กิจกาญจน์ นายกองค์การบริหารส่วนจังหวัดจันทบุรี คณะผู้บริหาร สมาชิกองค์การบริหารส่วนจังหวัดจันทบุรี พร้อมด้วยคณะผู้บริหารสมาคมกีฬาจังหวัดจันทบุรี ร่วมเปิดงานแถลงข่าวเปิดตัวทีมฟุตบอลจังหวัดจันทบุรี เข้าร่วมการแข่งขันฟุตบอลดิวิชั่น 1 ฤดูกาล 2010 ณ ห้องประชุมองค์การบริหารส่วนจังหวัดจันทบุรี

ซึ่งสโมสรฟุตบอลจันทบุรี ได้เข้าร่วมการแข่งขันฟุตบอลอาชีพไทยแลนด์ลีก ดิวิชั่น 1 มาตั้งแต่ พ.ศ. 2550 โดยที่ผ่านมานั้น ทางองค์การบริหารส่วนจังหวัดและสมาคมกีฬาจังหวัดเป็นผู้สนับสนุนงบประมาณ แต่ในปีนี้ทาง องค์การบริหารส่วนจังหวัดจันทบุรี ได้มอบหมายให้ทางบริษัทแคช ทูเดย์ จำกัด เป็นผู้ดำเนินการส่งนักกีฬาเข้าแข่งขัน ทางบริษัทฯ จึงได้ดำเนินการจดทะเบียนสโมสรฟุตบอลจันทบุรี เป็นนิติบุคคลตามกฎของ เอเอฟซี เรียบร้อยแล้ว ด้วยทุนจดทะเบียน 10 ล้านบาท โดยใช้ชื่อว่า "บริษัทแคช ทูเดย์ จันทบุรี เอฟซี จำกัด" โดยมีนายไวพจน์ มงคลรัตนานนท์ เป็นประธานสโมสร นายมรุต รัตนสัจธรรม เป็นผู้จัดการทีม พร้อมด้วยทีมบริหารมืออาชีพ ที่เข้ามาร่วมกันบริหารงานอย่างเป็นระบบ[1]

ในปี 2553 ทางบริษัท ทุ่มงบประมาณกว่า 30 ล้านบาท หวังได้เลื่อนชั้นขึ้นไปเล่นในลีกสูงสุดของประเทศในฤดูกาล 2011 โดยได้ดึง วิฑูรย์ กิจมงคลศักดิ์ อดีตนักฟุตบอลทีมชาติไทยมาเป็นผู้ฝึกสอน และยังคงใช้นักเตะท้องถิ่นขวัญใจชาวจันทบุรี อย่างเช่น สองพี่น้องมัสบูงอ ทั้งศิริศักดิ์ และ สิทธิชัย รวมถึงนักเตะคนอื่นๆอย่าง พิทักษ์ พิทักษ์โกศล ,เกย่า แยงกี้ ฯลฯ และยังได้ซื้อตัวนักเตะจากทีมต่าง ๆ มาเสริมทัพให้แข็งแกร่งขึ้น เช่น ธาดา คีละลาย ,ไกรเกียรติ เบียดตะคุ จากบางกอกกล๊าส ประสงค์ พันธุ์สวัสดิ์ ,ออสเซียน นิสซิม จากเพื่อนตำรวจ [2] แต่ก็ยังไม่ประสบความสำเร็จ

สำหรับในฤดูกาล 2554 สโมสรได้ทุ่มเงินกว่า 35 ล้านบาท คว้าตัวนักเตะฝีเท้าดี โดยมีสมชาย ชวยบุญชุม อดีตหัวหน้าผู้ฝึกสอนเอสซีจี สมุทรสงคราม เป็นประธานเทคนิค และมีครองพล ดาวเรืองเป็นหัวหน้าผู้ฝึกสอน แต่ยังไม่ประสบความสำเร็จ ทางบริษัทแคชทูเดย์จึงคืนสิทธิ์การทำทีมให้กับองค์การบริหารส่วนจังหวัดจันทบุรี โดยในปี 2555 ได้รับการสนับสนุนจากกลุ่มทุนประเทศมาเลเซีย

ในปี 2560 จันทบุรี เอฟซีได้เปลี่ยนแปลงทีมครั้งใหญ่และใช้ อาทิตย์ คำอ่อน เป็นหัวหน้าฝึกสอน และพาจันทบุรีจบในอันดับ 1 ในโซนภาคตะวันออก แต่ไปตกม้าตายตอน รอบมินิลีก อดผ่านเข้าไปเล่นใน ไทยลีก3

ปี 2561 ได้เปลี่ยนแปลงผู้เล่นและโค้ชผู้ฝึกสอนโดยใช้เด็กจันทบุรีทั้งหมดผสมกับต่างชาติ และได้ วิวัฒน์ สิริโภไคย มาเป็นโค้ชผู้ฝึกสอน ได้จบในอันดับ 2 ของโซนภาคตะวันออก และผ่านไปในรอบแชมป์เปียนส์ลีกตอนบน