ฟุตบอลถ้วยพระราชทาน ง.

สถาบันการพลศึกษา วิทยาเขตสมุทรสาคร เริ่มส่งทีมฟุตบอลเข้าแข่งขันในรายการระดับสมัครเล่นอย่างฟุตบอลชิงถ้วยพระราชทานประเภท ง. โดยเข้าร่วมการแข่งขันเป็นครั้งแรกในฟุตบอลถ้วยพระราชทาน ง 2551/52 ซึ่งสโมสรผ่านเข้าถึงรอบที่ 3

ในการแข่งขันถ้วย ง. ประจำปี 2555 รอบ 16 ทีมสุดท้าย ที่แข่งขันแบบน็อคเอาท์ เพื่อจะหา 8 สโมสรเลื่อนชั้นขึ้นไปเล่นในฟุตบอลชิงถ้วยพระราชทานประเภท ค. สโมสรสามารถเอาชนะการดวลจุดโทษ โรงเรียนพัทยา 9 (วัดโพธิสัมพันธ์) ไปได้หลังจากเสมอกันในเวลาปกติ 3–3 ทำให้ผ่านเข้ารอบ 8 ทีมสุดท้ายพร้อมกับคว้าสิทธิเลื่อนชั้นขึ้นไปเล่นในถ้วย ค. ก่อนที่ในรอบ 8 ทีมสุดท้ายจะแพ้การดวลจุดโทษให้กับ เทศบาลตำบลเขาบายศรี จันทบุรี หลังจากเสมอกันในเวลาปกติ 1–1[1]

ฟุตบอลถ้วยพระราชทาน ค.

ในการแข่งขันฟุตบอลถ้วยพระราชทาน ประเภท ค. ประจำปี 2556 สโมสรไม่ประสบความสำเร็จเมื่อตกรอบ 16 ทีมสุดท้าย ก่อนที่ในปีต่อมาสโมสรจะผ่านเข้าไปถึงรอบรองชนะเลิศ แม้จะแพ้ต่อ สโมสรฟุตบอลกรมชลประทาน ไป 0–4 ในรอบรองชนะเลิศ แต่ก็เพียงพอที่จะได้สิทธิเลื่อนชั้นขึ้นไปเล่นในฟุตบอลถ้วยพระราชทาน ประเภท ข.

ฟุตบอลถ้วยพระราชทาน ข.

ปี 2558 สโมสรลงแข่งขันฟุตบอลชิงถ้วยพระราชทาน ประเภท ข. เป็นปีแรก และสร้างผลงานได้อย่างโดดเด่น โดยในรอบรองชนะเลิศสามารถเอาชนะ สโมสรฟุตบอลเทศบาลเมืองเสนา ไปได้ 2–0 [2]และเข้าสู่รอบชิงชนะเลิศได้สำเร็จ ไปรอพบคู่ชนะระหว่าง โรงเรียนจ่าอากาศ และ สมาคมศิษย์เก่าโรงเรียนปากช่อง ต่อมาคณะกรรมการจัดการแข่งขันได้ตรวจสอบพบว่า โรงเรียนจ่าอากาศ และ สมาคมศิษย์เก่าโรงเรียนปากช่อง ได้ใช้ผู้เล่นผิดคุณสมบัติลงแข่งขัน จึงลงโทษปรับตกรอบรองชนะเลิศทั้งคู่ [3] โดยให้สถาบันการพลศึกษา วิทยาเขตสมุทรสาคร คว้าแชมป์ไปครอง โดยไม่ต้องแข่งขันนัดชิงชนะเลิศ และให้สโมสรฟุตบอลเทศบาลเมืองเสนา ที่แพ้ในรอบรองชนะเลิศ เลื่อนชั้นขึ้นไปเล่นในลีกภูมิภาค ดิวิชัน 2 อีก 1 ทีม

ลีกภูมิภาค ดิวิชัน 2

หลังจากคว้าแชมป์ฟุตบอลถ้วยพระราชทาน ประเภท ข. ประจำปี 2558 และได้เลื่อนชั้นขึ้นมาเล่นในลีกภูมิภาค ดิวิชัน 2 เป็นครั้งแรกใน ฤดูกาล 2559 สโมสรได้จดทะเบียนเป็นนิติบุคคล และใช้ชื่อในการลงแข่งขันว่า สพล. สมุทรสาคร ยูไนเต็ด โดยได้เช่าสนามกีฬากลางจังหวัดสมุทรสงคราม เป็นสนามเหย้าชั่วคราวในขณะที่ยังปรับปรุงสนามกีฬาของสถาบันการพลศึกษา วิทยาเขตสมุทรสาคร ไม่แล้วเสร็จ

สโมสรลงแข่งขันในลีกอย่างเป็นทางการเป็นนัดแรกเมื่อวันที่ 19 มีนาคม 2559 ในลีกภูมิภาค ดิวิชัน 2 นัดที่แพ้สโมสรฟุตบอลสีหมอกไป 3–0 ที่สนามโรงเรียนกีฬาจังหวัดสุพรรณบุรี[4] และพบกับชัยชนะในลีกเป็นครั้งแรกเมื่อวันที่ 26 มีนาคม 2559 ในนัดที่บุกไปชนะ เมืองกาญจน์ ยูไนเต็ด 0–2 ที่สนามกีฬากลางจังหวัดกาญจนบุรี โดย ทอกเบ มาร์แซล กองหน้าชาวไอวอรี่ โคสต์ได้รับการบันทึกว่าเป็นนักฟุตบอลคนแรกที่ยิงประตูให้กับสโมสรได้ในระดับลีกอาชีพ โดยในฤดูกาลแรก สโมสรต้องดิ้นรนหนีการตกชั้น และจบฤดูกาลด้วยอันดับ 11 ในโซนภาคตะวันตก ซึ่งเป็นอันดับรองสุดท้ายและรอดพ้นจากการตกชั้นอย่างหวุดหวิด