เมื่อวันศุกร์ที่ 12 ก.พ. 53 เวลา 16.00 น. ณ โรงแรมริชมอนด์ ชั้น 3 ห้องแซฟไฟร์ จ.นนทบุรี "อีกานนท์" นนทบุรี เอฟซี ทีมน้องใหม่ ในศึกฟุตบอลลีกภูมิภาคดิวิชั่น 2 ได้จัดงานแถลงข่าว เปิดตัวทีมอย่างเป็นทางการ โดยปธ.สโมสรนนทบุรี เอฟซี พล.ต.ต.วิชัย สังข์ประไพ ได้กล่าวถึงความมุ่งมั่นของทีมในฤดูกาลนี้ว่า "ทีมของเราเป็นทีมน้องใหม่ยังขาดประสบการณ์อยู่มาก ต้องขอขอบคุณทุกๆ ท่าน ที่ให้ความสนับสนุนที่มาร่วมงานในวันนี้ เราเพิ่งจะเป็นมืออาชีพ แต่เราก็มีความมุ่งมั่นอย่างสูง ที่จะพัฒนาฟุตบอลของเราให้ไปไกลกว่านี้ ไกลกว่าที่เป็นอยู่ และเราก็อยากให้ทีมของเราเป็นส่วนหนึ่ง ในการพัฒนาวงการฟุตบอลของไทยด้วย และที่สำคัญผมอยากให้คน นนทบุรี มีทีมที่เป็นของจังหวัดตัวเองเชียร์ซักที พวกเราตั้งใจทำกันอย่างมาก อยากให้แฟนๆ ช่วยกันสนับสนุนเยอะๆ"

สำหรับความหมายที่ใช้ฉายาว่า "อีกานนท์" นั้นท่าน ปธ.สโมสร ได้กล่าวเสริมเพิ่มอีกว่า "อีกานั้น เป็นสัตว์ที่เรียกได้ว่าฉลาดที่สุด และมีความสามัคคี รักพวกพ้อง ท่านลองดูได้ว่า อีกา ไปไหนจะไปเป็นกลุ่มไม่บินเดี่ยวๆ และตรงนี้เราได้เอามาแปลตรงที่ว่าความรักกัน มั่นคง สมัครสมานสามัคคีในหมู่พวกเราชาว นนทบุรี นั้นถือเป็นเรื่องสำคัญ"

และในการแข่งขันฟุตบอลลีกภูมิภาคดิวิชั่น 2 ในปีแรก ของ"อีกานนท์" นนทบุรี เอฟซี ทีมน้องใหม่ จบที่อันดับ 3 พลาดการไปแข่งขันต่อในรอบ แชมป์เปี้ยนลีกไปอย่างน่าเสียดาย โดยมีคะแนนเท่ากับอันดับ2 แต่แพ้ Head to Head ส่วนในปี 2554 อีกานนท์จบที่อันดับ 8 และจบที่อันดับ 18 ในปี 2555 ซึ่งเกือบทำให้ทีมต้องตกชั้น ในฤดูกาล 2556 ทีมจึงมีการเปลี่ยนแปลงโดยการดึงโค้ชอู๊ด สระราวุฒิ ตรีพันธ์ เข้ามาคุมทีม พร้อมได้กำลังเสริมจากนักเตะเยาวชนของทีม เอสซีจี เมืองทอง ยูไนเต็ด เข้ามาเสริมทีมจำนวนมาก จึงทำให้ผลงานดี และจบเลคแรกด้วยอันดับ 1 ของโซน แต่พอเข้าเลคที่สอง มีการเปลี่ยนครั้งใหญ่อีกครั้ง ทำให้ผลงานล่วงระนาว จนตกมาอยู่ท้ายตาราง และหลังจากนั้นทีมก็ทำผลงานไม่สู้ดีมาโดยตลอด จนปี 2559 ผู้บริหารกลับมาทุ่มทำทีมเองอีกครั้ง ผลงานในช่วงแรกไม่ดีนักแต่เข้าเลคสองผลงานเริ่มดีขึ้น แม้ว่าจะอยู่กลางๆตารางแต่ทีมสามารถโชว์ฟอร์มได้น่ากลัว ได้ทะลุผ่านเข้ารอบ 16 ทีมสุดท้านในฟุตบอล ช้าง เอฟเอคัพ