สโมสรฟุตบอลบอร์เนียวถูกก่อตั้งโดยอดีตผู้สนับสนุนของสโมสรปุตราซามารินดา ที่ไม่พอใจที่ทีมของพวกเขาไม่ประสบความสำเร็จใด ๆ[2] โดยทางพีทีนาฮูซัมปราตามาอินโดนีเซีย ได้ซื้อสโมสรเปอร์เซอบาซูเปอร์บังกาลัน เมื่อวันที่ 7 มีนาคม ค.ศ. 2014 ทำให้สโมสรได้สิทธิ์แข่งขันลีกาอินโดนีเซียพรีเมียร์ดิวิชัน และได้เปลี่ยนชื่อสโมสรเป็นสโมสรฟุตบอลปุซามาเนียบอร์เนียว[3][4]

สโมสรเลื่อนชั้นสู่อินโดนีเซียซุปเปอร์ลีก จากการเอาชนะการยิงลูกโทษต่อพีเอสจีซีเซียมิส ในรอบรองชนะเลิศของอินโดนีเซียพรีเมียร์ดิวิชัน ฤดูกาล 2014[5] ต่อมาวันที่ 27 พฤศจิกายน ค.ศ. 2014 บอร์เนียวคว้าแชมป์แรกของสโมสร ซึ่งเป็นแชมป์พรีเมียร์ดิวิชัน จากการเอาชนะสโมสรเปอร์ซีวาวาเมอนา 2–1 ในนัดชิงชนะเลิศ[6]