สโมสรบางกอกกล๊าสเริ่มต้นในช่วงก่อตั้งโรงงานบางกอกกล๊าส ในปี พ.ศ. 2522 โดยเป็นการรวมตัวกันเพื่อแข่งขันเป็นการภายในของพนักงาน และต่อมาจึงได้ส่งทีมเข้าร่วมการแข่งขันภายนอก ในช่วงปี พ.ศ. 2532 ซึ่งเป็นการแข่งขันกันในกลุ่มโรงงานอุตสาหกรรม ในเขตจังหวัดปทุมธานี จนเริ่มเป็นที่รู้จักของบุคคลทั่วไป

ปี พ.ศ. 2542 พนักงานและกลุ่มผู้บริหารได้รวมตัวกันจัดตั้งชมรมฟุตบอลอย่างเป็นรูปธรรมขึ้นมา และเมื่อชมรมมีความพร้อมในด้านต่างๆ ทั้งด้านอุปกรณ์ และสนาม จีงมีก่อตั้งสโมสรฟุตบอลบางกอกกล๊าสขึ้นในเดือน เมษายน พ.ศ. 2549 และเปิดคัดนักกีฬาในเดือนต่อมา โดยได้เข้าเป็นสมาชิกของ สมาคมฟุตบอลแห่งประเทศไทย ในปีดังกล่าว

การแข่งขันอย่างเป็นทางการครั้งแรกของสโมสรคือการเข้าร่วมแข่งขัน ฟุตบอลถ้วยพระราชทาน ง 2550/51 ซึ่งสโมสรประสบความสำเร็จเมื่อได้ตำแหน่งรองแชมป์ โดยในนัดชิงชนะเลิศแพ้สโมสรฟุตบอลเทศบาลเมืองคูคตไป 1-0 และได้สิทธิเลื่อนชั้นไปเล่นในฟุตบอลถ้วยพระราชทาน ค.ในปีต่อมา

ปี พ.ศ. 2551 สโมสรได้จัดตั้งบริษัท บีจีเอฟซี สปอร์ต จำกัด เพื่อดำเนินการบริหารสโมสรและให้เป็นไปตามแนวทางที่เอเอฟซีกำหนด และลงแข่งขันใน ฟุตบอลถ้วยพระราชทาน ค 2551/52 สามารถผ่านเข้าไปถึงรอบชิงชนะเลิศ โดยในรอบชิงชนะเลิศแพ้สโมสรฟุตบอลเจดับบลิว กรุ๊ป ไป 1-2 คว้าสิทธิเลื่อนชั้นไปเล่นในถ้วย ข.นอกจากนี้ทีมบางกอกกล๊าส ยังมีทีมฟุตซอลของตัวเอง ซึ่งลงแข่งในฟุตซอลไทยแลนด์ลีกอีกด้วย

ในช่วงเดือน มกราคม พ.ศ. 2552 สโมสรฟุตบอลธนาคารกรุงไทยจากศึก ไทยแลนด์พรีเมียร์ลีก ได้ประกาศยุบทีม เนื่องจากไม่สามารถปฏิบัติตามเงื่อนไขที่เอเอฟซีกำหนดในเรื่องการจดทะเบียนเป็นนิติบุคคลได้ สโมสรบางกอกกล๊าสจากฟุตบอลถ้วย ข. จึงได้ทำการเทคโอเวอร์ สโมสรธนาคารกรุงไทย โดยจะได้ลงแข่งใน ไทยพรีเมียร์ลีก ปี พ.ศ. 2552 แทนที่ของสโมสรฟุตบอลธนาคารกรุงไทยที่ยุบทีม และได้ย้ายสนามไปเช่าสนามเฉลิมพระเกียรติ คลอง 6 เป็นการชั่วคราวเพื่อปรับปรุงสนามลีโอ สเตเดี้ยม ซึ่งในปีแรกของการแข่งขันของสโมสรฟุตบอลบางกองกล๊าสนั้นทำผลงานได้อย่างยอดเยี่ยมด้วยการจบอันดับที่ 3 ในไทยพรีเมียร์ลีก 2552 ส่วนทีมฟุตบอลที่พนักงานและกลุ่มผู้บริหารได้รวมตัวกันจัดตั้งขึ้นในปี พ.ศ. 2542 ยังคงดำเนินการส่งเข้าร่วมการแข่งขันในนามสโมสรฟุตบอลรังสิต

ปี พ.ศ. 2553 สโมสรบางกอกกล๊าส ได้รับความนิยมอย่างสูง และได้สร้างสนาม ลีโอ สเตเดี้ยม เสร็จสมบูรณ์หลังจากที่ทำการปรับปรุงครั้งใหญ่ จนได้กลับมาเล่นในสนามแห่งนี้อีกครั้ง หลังจากที่ปรับปรุงเกือบ 1 ปีในเดือน มกราคม สโมสรฟุตบอลบางกอกกล๊าส ได้ส่งทีมเข้าแข่งขันในฟุตบอล ควีนส์ คัพ ประสบความสำเร็จสามารถคว้าแชมป์มาได้สำเร็จด้วบการชนะอินทรีเพื่อนตำรวจ 4-1และในปีเดียวกันนั้นเอง ได้ส่งทีมเข้าแข่งขันในศึกสิงค์โปรคัพในปีที่สองทำผลงานได้อย่างยอดเยี่ยม คว้าแชมป์สิงค์โปรคัพ 2010 ไปอีกรายการ

ปี พ.ศ. 2557 สโมสรบางกอกกล๊าส ได้แชมป์แรกในประวัติศาสตร์สโมสร คือ ไทยคม เอฟเอคัพ 2557 ชนะชลบุรี 1-0 โดยที่รอบผ่านมา ชนะเชียงราย ยูไนเต็ต, เมืองทอง ยูไนเต็ด, บุรีรัมย์ ยูไนเต็ด, ราชนาวี

ปี พ.ศ. 2558 สโมสรบางกอกกล๊าส ได้เข้าร่วมการแข่งขันระดับทวีปเอเชียเป็นครั้งแรก (AFC) ต่อมาปี พ.ศ. 2559 ได้ก่อตั้งศูนย์ฝึกฟุตบอล ยามาโอกะ ฮานาซากะ อะคาเดมี่ (YHA) และในปี พ.ศ. 2561 สโมสรบางกอกกล๊าสเปลี่ยนสัญลักษณ์สโมสรใหม่ และปรับปรุงสนามลีโอ สเตเดี้ยมมาใช้หญ้าจริง

ในการแข่งขันนัดสุดท้ายของไทยลีก ฤดูกาล 2561 ซึ่งทางสมาคมฯ ประกาศว่าจะมีทีมตกชั้น 5 ทีม บางกอกกล๊าสพ่ายแพ้ต่อนครราชสีมา มาสด้า เอฟซี[2] ในขณะที่ทีมลุ้นหนีตกชั้นอีกสองทีม ได้แก่ สุโขทัย เอฟซี และชัยนาท ฮอร์นบิล ต่างคว้าชัยชนะได้[3][4] ทำให้ชัยนาทและบางกอกกล๊าสมีคะแนนเท่ากันที่ 42 คะแนน แต่ชัยนาทมีสถิติการพบกันที่ดีกว่า[4] ทำให้บางกอกกล๊าสกลายเป็นทีมสุดท้ายที่ต้องตกชั้น โดยได้อันดับที่ 14 ทำให้ต้องตกชั้นลงไปเตะใน ไทยลีก 2 ในฤดูกาล 2562 เป็นครั้งแรกของสโมสรในรอบ 10 ปี นับตั้งแต่ซื้อกิจการสโมสรธนาคารกรุงไทยเมื่อปี 2552[2]