สโมสรฟุตบอลปราจีนบุรี ยูไนเต็ด ส่งทีมเข้าร่วมการแข่งขันลีกภูมิภาคในปี พ.ศ. 2553 เป็นปีแรก โดยเข้าร่วมในการแข่งขันลีกภูมิภาคดิวิชั่น 2 ภาคกลางและตะวันออก โดยงบประมาณในการทำทีมมี 2 ล้านบาท โดยได้รับการสนับสนุนจากสมาคมกีฬาจังหวัดปราจีนบุรี อบจ.ปราจีนบุรี และได้รับการสนับสนุนชุดแข่งขันและชุดฝึกซ้อม จากบ.ตาบูโด้ เป็นเงินประมาณ 5 แสนบาท โดยจุดประสงค์ในการก่อตั้งสโมสรนั้น เพื่อให้เด็กเยาวชนในจังหวัดปราจีนบุรัได้มีเวทีทดสอบฝีเท้า เพื่อหาประสบการณ์ในการเล่นฟุตบอล และพัฒนาไปสู่การเล่นฟุตบอลระดับอาชีพในอนาคต และเป็นการส่งเสริมให้เยาวชนในจังหวัดได้หันมาเล่นกีฬาฟุตบอล และใช้เวลาว่างให้เกิดประโยชน์