สโมสรฟุตบอลมหาวิทยาลัยราชภัฏนครสวรรค์เป็นสโมสรฟุตบอลที่ใช้นักแตะจากท้องถิ่นเป็นหลักโดยเฉพาะนักฟุตบอลที่เป็นนักศึกษาของมหาวิทยาลัย สโมสรเริ่มส่งทีมเข้าแข่งในรายการฟุตบอลถ้วยพระราชทาน และได้สิทธิ์เข้าแข่งขันฟุตบอลดิวิชั่น 2 ในโซนกรุงเทพฯและปริมณฑลจากการได้ตำแหน่งรองชนะเลิศฟุตบอลชิงถ้วยพระราชทานประเภท ข ในปี พ.ศ. 2551 ซึ่งถือว่าเป็นสโมสรจากต่างจังหวัดเพียงสโมสรเดียวในในโซนกรุงเทพฯและปริมณฑล

ในปี 2554 ได้เปลี่ยนชื่อสโมสรเป็น ปากน้ำโพ-มหาวิทยาลัยราภัฏนครสวรรค์ และสโมสรฟุตบอลปากน้ำโพ เอ็นเอสอาร์ยู ในเวลาต่อมา ในฤดูกาลนี้เอง พิษณุ งามสงวน กองหน้าตัวเก่งของสโมสรได้เซ็นสัญญาย้ายจาสโมสรฟุตบอลปากน้ำโพ เอ็นเอสอาร์ยู สู่สโมสรฟุตบอลมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ด้วยค่าตัว 50,000 บาท ถือเป็นครั้งแรกของวงการฟุตบอลอาชีพในจังหวัดนครสวรรค์ที่มีการโอนย้ายแบบมีค่าตัว[3]

ฤดูกาล 2012 (พ.ศ. 2555) สโมสรได้ย้ายมาทำการแข่งขันในโซนภาคเหนือ

ในฤดูกาล 2013 (พ.ศ. 2556) สโมสรได้ย้ายมาทำการแข่งขันในโซนกรุงเทพฯ และภาคกลาง