สโมสรมหาสารคาม ซิตี้เริ่มก่อตั้งขึ้นมาในรูปแบบของทีมฟุตบอลอาชีพเมื่อเดือนพฤศจิกายน พ.ศ. 2551 โดยได้จดทะเบียนเป็นชื่อสโมสรเมื่อวันที่ 8 ตุลาคม พ.ศ. 2552 มีทางด้าน"บิ๊กเอ๋"ธนกฤต บุญทิพย์ ดำรงตำแหน่งผู้จัดการทีมพร้อมด้วย"ภาณุ พราหมณ์น้อย"เลขาฯ ภายใต้การบริหารงานของประธานสโมสรอย่าง"ปรีชา เผือกขวัญดี"รองอธิการบดีสถาบันการพลศึกษา วิทยาเขตมหาสารคาม

วันที่ 9 กุมภาพันธ์ 2553 สโมสรมหาสารคามซิตี้ ได้มีการเปิดตัวสโมสรอย่างเป็นทางการ ทั้งทีมงานและนักเตะของสโมสร โดยมีผู้ว่าราชการจังหวัดมหาสารคามเป็นประธานในงาน

ในเลกที่ 2 ฤดูกาล 2553 ได้เปลี่ยนชื่อทีมจาก มหาสารคาม ซิตี้ เป็น มหาสารคาม ยูไนเต็ด ซึ่งในปีดังกล่าวสโมสรได้มีการเปลี่ยนสัญลักษณ์ใหม่จากเสือ เป็นปูทูลกระหม่อม ซึ่งปูทูลกระหม่อม หรือ ปูแป้ง เป็นปูน้ำจืดที่ค้นพบในประเทศไทยเมื่อปี พ.ศ. 2536 ที่ป่าดูนลำพัน อำเภอนาเชือก จังหวัดมหาสารคาม และเป็นปีที่ปีที่สมเด็จพระเจ้าลูกเธอ เจ้าฟ้าจุฬาภรณวลัยลักษณ์ อัครราชกุมารี ทรงเจริญพระชนมายุครบ 36 พรรษา จึงขอพระราชทานชื่อว่า "ปูทูลกระหม่อม" โดยมีรูปร่างคล้ายปูนามีสีสันสวยงาม มี 4 สีคือ ม่วง แสด เหลือง ขาว โดยกระดองมีสีม่วงเปลือกมังคุด ซึ่งมีเพียงแห่งเดียวในโลก และได้มีการเปลี่ยนฉายาใหม่จากเสืออีสาน เป็นปูพิฆาต (THE CRAB)

ปัจจุบันสโมสรใช้สนามอรุณปรีดีดิลก มหาวิทยาลัยราชภัฏมหาสารคาม ทำการแข่งขันนัดเหย้า

ประวัติสัญลักษณ์สโมสร

• ตราประจำสโมสร ช่วงปี 2552-2553
• ตราประจำสโมสร ช่วงปี 2553-2554
• ตราประจำสโมสร ช่วงปี 2554-2564