สโมสรฟุตบอลราชบุรี เริ่มต้นในการส่งทีมเข้าแข่งขันฟุตบอลกีฬาแห่งชาติ และคว้าเหรียญทองแดง ที่มหานครเกมส์ ปี 2543 และร่วมฟุตบอลโปรวินเชียลลีก ดิวิชั่น 2 สามารถคว้าแชมป์มาครองได้ในปี 2549 จนได้รับสิทธิ์เข้าร่วมการแข่งขันฟุตบอลดิวิชั่น 1 ในปี 2550 โดยได้อันดับ 12 ทำให้ในปี 2551 ทีมสโมสรราชบุรี เอฟซี มาเล่นในลีกดิวิชั่น 2 ซึ่งได้อันดับ 7 ส่วนในปี 2552 นั้น การแข่งขันได้เปลี่ยนแปลงระบบการจัดการแข่งขัน ซึ่งแบ่งออกเป็นโซนต่างๆ ทั่วประเทศ เนื่องจากมีทีมจากหลายจังหวัดทั่วทุกภาค ให้ความสนใจเข้าร่วมการแข่งขัน สโมสรฟุตบอลราชบุรี นั้นอยู่ในโซนภาคกลางและตะวันออก และได้อันดับ 9 มา 2 ฤดูกาลติดต่อกัน