ยุคโปรลีก (ศรีสะเกษ สตีลร็อก)

สโมสรฟุตบอลศรีสะเกษ ก่อตั้ง เมื่อปี พ.ศ. 2542 เพื่อทำการแข่งขันรายการ ไทยแลนด์โปรวินเชียล ลีก ซึ่งก่อตั้งโดยการกีฬาแห่งประเทศไทย ร่วมมือกันสมาคมฟุตบอลแห่งประเทศไทย โดยจัดเป็นโครงการนำร่อง 5 ปี โดยครั้งนั้นมี บุญชง วีสมหมาย เป็นประธานสโมสร และแค่ปีแรกที่ก่อตั้ง ก็ได้รางวัลชนะเลิศการแข่งขันไทยแลนด์โปรวินเชียล ลีกทันที

หลังจากนั้น สโมสรฟุตบอลศรีสะเกษ ก็เข้าร่วมแข่งขันไทยแลนด์โปรวินเชียล ลีกทุกครั้ง ในชื่อ "ศรีสะเกษ สตีลร็อก" แต่ก็ไม่สามารถชนะเลิศได้เพิ่มเติม โดยทำได้ดีทีสุด คือ ปี 2546 จบฤดูกาลที่ลำดับที่ 5

เข้าสู่ระบบลีก

• สัญลักษณ์สโมสรเก่า พ.ศ. 2550 - 2551

ปี 2550 สโมสรฟุตบอลศรีสะเกษ ได้เปลี่ยนชื่อของสโมสรมาเป็น "ศรีสะเกษ เมืองไทย เอฟซี" ในการแข่งขัน ในปีนี้ได้มีการรวมลีกทั้งสอง คือ ไทยแลนด์ลีกและ ไทยแลนด์โปรวินเชียลลีก ภายใต้การดูแลของสมาคมฟุตบอลแห่งประเทศไทย โดยสโมสรศรีสะเกษ ถูกจัดอยู่ในไทยลีกดิวิชัน 1 กลุ่ม B ร่วมกับอีก 12 ทีม เมื่อจบฤดูการได้อันดับ 10 ทำให้ต้องตกชั้นไปเล่นใน ไทยลีกดิวิชัน 2

ปี 2551 ในการเล่นไทยลีกดิวิชัน 2 สโมสรศรีสะเกษจบการแข่งขันได้อันดับ 4 จึงสามารถพาตัวเองกลับมาเล่นในไทยลีกดิวิชัน 1

ปี 2552 ในการเล่นไทยลีกดิวิชัน 1 เป็นปีที่การแข่งขันลีกอาชีพในประเทศไทยกำลังได้รับความนิยมอย่างสูง รวมทั้งใน จังหวัดศรีสะเกษ ด้วยจึงได้รับการสนับสนุนจากกองเชียร์และมีการจัดการที่เป็นรูปแบบ มีการเก็บค่าเข้าชม และขายของที่ระลึก รวมทั้งการถ่ายทอดสดการแข่งขันผ่านอินเทอร์เน็ต ในปีนี้สโมสรศรีสะเกษ สามารถจบการแข่งขันได้อันดับที่ 3 ทำให้ได้เลื่อนชั้นขึ้นไปเล่น ไทยพรีเมียร์ลีก สโมสรศรีสะเกษ มีกองเชียร์กลุ่มหนึ่งพยายามมีส่วนช่วยเหลือในการสนับสนุนทีมและได้จัดตั้งเว็บไซต์ขึ้น รวมทั้งตามเชียร์ ทีมทั้งในนัดเหย้าและเยือน ในช่วงที่ สโมสรศรีสะเกษได้ทำการแข่งขันอยู่ในระดับ ไทยลีกดิวิชัน 1 ใน 2551 มีกองเชียร์ให้การสนับสนุนทีมเพิ่มขึ้นอย่างต่อเนื่องและได้เกิดกลุ่มกองเชียร์ที่ออกจากถิ่นฐานบ้านเกิดไปทำงานหรือไปศึกษาเล่าเรียนยังกรุงเทพฯ และจังหวัดต่างๆ โดยใช้ชื่อเรียกกลุ่มตัวเองว่า "กูปรีพลัดถิ่น" ตามเชียร์และให้กำลังใจทีม ในระหว่างที่ออกไปทำการแข่งขันนอกบ้านโดยตลอดและคาดว่าอีกไม่นานจะมีกองเชียร์หลายหมื่นคนมาเป็นแฟนคลับของสโมสร ยิ่งการที่สโมสรได้เล่นใน ไทยพรีเมียร์ลีก ในปี พ.ศ. 2553 ด้วย

ปี 2553 เป็นปีแรกที่สโมสรฟุตบอลศรีสะเกษ ได้เล่นใน ไทยพรีเมียร์ลีก ผลงานของสโมสรไม่เป็นที่น่าพอใจ จบฤดูการรั้งอันดับ 14 ต้องตกชั้นไปเล่น ไทยลีกดิวิชัน 1 แต่ในปีนั้น สมาคมฟุตบอลแห่งประเทศไทย และ บริษัท ไทยพรีเมียร์ลีก ต้องการเพิ่มทีมในลีกเป็น 18 สโมสร เพื่อให้ลีกมีความแข็งแกร่งและผลักดันให้เป็นลีกชั้นนำของเอเชีย ซึ่งผลการคัดเลือกปรากฏว่าสโมสรฟุตบอลศรีสะเกษ ผ่านการเล่นเพลย์ออฟ ทำให้ยังคงทำการแข่งขันในไทยพรีเมียร์ลีก ฤดูกาล 2554

ปี 2555 สโมสรฟุตบอลศรีสะเกษได้เปลี่ยนชื่อเป็น อีสาน ยูไนเต็ด และได้ย้ายสนามไปที่จังหวัดอุบลราชธานี

ปี 2556 สโมสรได้ทำการเปลี่ยนชื่อกลับมาใช้ ชื่อ ศรีสะเกษ เอฟซี พร้อมทั้งย้ายสนามเหย้ากลับมาที่จังหวัดศรีสะเกษ แต่ในขณะนั้นมีปัญหาสิทธิในการทำทีม สโมสรจึงถูกพักการแข่งขันในฤดูการนี้

ปี 2557 สโมสรซึ่งถูกพักการแข่งขันจากฤดูกาลก่อนหน้า จะได้ลงเล่นในฤดูกาลนี้ต่อ โดยที่จะไม่ตกชั้น สโมสรได้ทำการลงเล่นใน ไทยพรีเมียร์ลีก เป็นเวลาติดต่อกันจนถึง ไทยลีก ฤดูกาล 2560 ผลงานของสโมสรไม่ไปอย่างที่หวังจึงทำให้ต้องตกชั้นสู่ ไทยลีก 2

ปี 2558 สโมสรฟุตบอลศรีสะเกษสร้างประวัติศาสตร์แห่งวงการฟุตบอลไทยและให้กับสโมสรเอง โดยเป็นทีมเล็กจากฟุตบอลโตโยต้าไทยพรีเมียร์ลีก สร้างความฮือฮาหลังจากที่สามารถผ่านทะลุเข้าสู่รอบชิงชนะเลิศ รายการ โตโยต้า ลีก คัพ 2558 โดยเข้าไปชิงชนะเลิศกับ บุรีรัมย์ ยูไนเต็ด ณ สนามศุภชลาศัย เมื่อวันที่ 21 พฤศจิกายน 2558 แต่น่าเสียดายพลาดท่าแพ้ 0-1 เป็นการทำประตูของ โก ซุล กิ นักเตะเกาหลีใต้ ของบุรีรัมย์ ยูไนเต็ด ส่งผลทำให้คว้าแค่รองแชมป์ แต่สโมสรและนักเตะสร้างความสุขให้ชาวจังหวัดศรีสะเกษไม่น้อย

ตกชั้น

ในไทยลีก ฤดูกาล 2560 ศรีสะเกษจบอันดับที่ 17 ของตาราง ทำให้ต้องตกชั้นไปเล่นในไทยลีก 2 ฤดูกาล 2561