สโมสรฟุตบอลสุไหงปาดี ก่อตั้งขึ้นในปี พ.ศ. 2559 ที่ตำบลปะลุรู อำเภอสุไหงปาดี จังหวัดนราธิวาส โดยมีมัสรูดิง ฮามิ กำนันตำบลปะลุรู เป็นประธานสโมสร และส่งทีมเข้าร่วมการแข่งขันในรายการของสมาคมฟุตบอลแห่งประเทศไทยเป็นครั้งแรก ในการแข่งขันฟุตบอลดิวิชัน 3 ฤดูกาล 2559 กลุ่มภาคใต้ [1]โดยการรับช่วงสิทธิในการลงแข่งขันมาจาก ทีมฟุตบอลโรงเรียนรัตนโกสินทร์ 9

ดิวิชั่น 3

สโมสรลงแข่งขันอย่างเป็นทางการนัดแรก เมื่อวันที่ 23 ธันวาคม พ.ศ. 2559 ในการแข่งขันฟุตบอลดิวิชั่น 3 นัดที่เสมอกับกับ สโมสรฟุตบอลนิวบอล สตูล 0–0 ที่สนามฟุตบอลเทศบาลตำบลเวียงสระ จังหวัดสุราษฎร์ธานี

ต่อมาสโมสรยิงประตูในการแข่งขันได้เป็นครั้งแรกในนัดที่เสมอกับ สโมสรฟุตบอลสุราษฎร์ธานี ยูไนเต็ด 1–1 โดย ฮาฟีซี สาและ เป็นคนยิงประตูแรกให้กับสโมสร และสโมสรสามารถผ่านเข้าไปถึงรอบชิงชนะเลิศได้สำเร็จ

ในการแข่งขันรอบชิงชนะเลิศ เพื่อหาทีมที่จะได้เลื่อนชั้นขึ้นไปแข่งขันในระดับไทยลีก 4 เมื่อวันที่ 29 ธันวาคม พ.ศ. 2559 สุไหงปาดี เอฟซี เสมอกับ สุราษฎร์ธานี ยูไนเต็ด 1–1 และแพ้ในการดวลจุดโทษ ทำให้ได้เพียงตำแหน่งรองชนะเลิศในการแข่งขันดิวิชั่น 3 กลุ่มภาคใต้[2]

ไทยลีก 4

หลังจากการแข่งขันในฤดูกาล 2559 เสร็จสิ้น สโมสรฟุตบอลสุราษฎร์ธานี ยูไนเต็ด ที่ชนะเลิศในดิวิชั่น 3 กลุ่มภาคใต้ และได้สิทธิเลื่อนชั้นขึ้นไปแข่งในไทยลีก 4 ประสบปัญหาในเรื่องของสนามแข่งขันที่จะใช้เป็นสนามเหย้า จึงทำให้สโมสรฟุตบอลสุไหงปาดี ที่ได้ตำแหน่งรองชนะเลิศ ได้สิทธิในการแข่งขันไปแทนโดยได้รับความยินยอมจากสุราษฎร์ ยูไนเต็ด[3]

โดยสโมสรลงแข่งขันในลีกอาชีพเป็นนัดแรกเมื่อวันที่ 19 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2560 ในนัดที่แพ้สโมสรฟุตบอลจังหวัดภูเก็ต 0–5 ที่สนามกีฬามหาราช จังหวัดนราธิวาส