สโมสรฟุตบอลหาดใหญ่ ก่อตั้งขึ้นโดยเทศบาลนครหาดใหญ่ โดยได้รับอนุมัติให้ก่อตั้งสโมสรขึ้นเมื่อวันที่ 27 ธันวาคม พ.ศ. 2552 [2]

หลังได้รับอนุมัติให้ก่อตั้งสโมสรฟุตบอล นายไพร พัฒโน นายกเทศมนตรีเทศบาลนครหาดใหญ่ ในขณะนั้นได้เข้ามาดำรงตำแหน่งประธานสโมสร และส่งทีมเข้าร่วมการแข่งขันฟุตบอลอาชีพเป็นครั้งแรกในลีกภูมิภาค ดิวิชัน 2 ฤดูกาล 2553

หลังจากที่ได้ข้อสรุปที่แน่นอนแล้วว่าทีมน้องใหม่ในการแข่งขันลีกภูมิภาค ดิวิชั่น 2 ในฤดูกาล 2010 ที่จะมาถึงในโซนภาคใต้มีทีมน้องใหม่อย่างทีมหาดใหญ่ เอฟซีอยู่ร่วมโซนเป็นที่แน่นอน ซึ่งเป็นการสร้างกระแสฟุตบอลฟีเวอร์ได้เป็นอย่างดีในจังหวัดสงขลา และโดยเฉพาะแฟนบอลในอำเภอหาดใหญ่ทำให้พวกเขารู้สึกตื่นเต้นและดีใจเป็นอย่างมาก เมื่อได้รู้ว่าทีมรักของตัวเองได้เข้าร่วมการแข่งขันในครั้งนี้ด้วย และจากเหตุนี้จึงทำให้ทีมหาดใหญ่ เอฟซี เริ่มมีการประชาสัมพันธ์ทีมอย่างหนัก ทั้งสื่อวิทยุท้องถิ่น และหนังสือพิมพ์ต่างๆ เพื่อให้ทีมเป็นที่รู้จักกันมากขึ้น และนอกจากนี้ยังจัดกิจกรรมให้แฟนบอลได้มีส่วนร่วม โดยจัดประกวดโลโก้ทีมหาดใหญ่ เอฟซี ผู้ที่ชนะจะได้รับรางวัล 10,000 บาท และมีการจำหน่ายของที่ระลึกของทีมหาดใหญ่ เอฟซีซึ่งถือเป็นการสร้างกระแสเรียกแฟนคลับได้เป็นอย่างดีสำหรับทีมหาดใหญ่ เอฟซี

ทางด้านงบประมาณในการทำทีมของทีมหาดใหญ่ เอฟซีสำหรับปีแรกอยู่ที่จำนวน 6 ล้านบาท ซึ่งถือเป็นงบประมาณที่น่าจะเพียงพอสำหรับทีมน้องใหม่ที่เข้าร่วมการแข่งขันลีกภูมิภาคในฤดูกาลแรก โดยได้รับการระดมทุนของผู้ใหญ่ภายในจังหวัดที่มีจิตใจรักกีฬา และอยากจะพัฒนาทีมหาดใหญ่ เอฟซีให้เข้าสู่มืออาชีพ และที่สำคัญไปกว่านั้นก็คือ ปลุกกระแสฟุตบอลของชาวสงขลาให้หันมาชอบกีฬาฟุตบอลและให้ได้เชียร์ทีมที่อยู่ในพื้นที่ของตนเอง และนอกจากนั้นอีกส่วนหนึ่งยังได้รับการสนับสนุนจากสปอนเซอร์ต่างๆ ภายในจังหวัด

ส่วนด้านประธานสโมสรเป็น ไพร พัฒโน นายกเทศมนตรีนครหาดใหญ่ ส่วนผู้จัดการทีมเป็นพันเอก (พิเศษ) สุชาติ จันทรโชติกุล ซึ่งผู้บริหารทั้งสองท่าน ต่างก็มุ่งหวังที่จะสร้างประวัติศาสตร์หน้าใหม่ให้กับวงการลูกหนังเมืองหาดใหญ่ ด้วยการพาทีมหาดใหญ่ เอฟซีเป็นแชมป์ในโซนภาคใต้ และเลื่อนชั้นขึ้นไปเล่นในระดับดิวิชั่น 1 ให้ได้ภายในเวลาแค่ปีเดียว [3]