ฤดูกาล 2563–2564 เป็นฤดูกาลที่ 5 ของ สโมสรฟุตบอลอยุธยา ยูไนเต็ด ในระบบฟุตบอลลีกอาชีพของประเทศไทย โดยหลังจากจบไทยลีก 2 ฤดูกาล 2562 ด้วยอันดับ 18 ทำให้เดิมทีสโมสรจะต้องตกชั้นกลับลงไปเล่นในไทยลีก 3 แต่จากการที่สโมสรฟุตบอลไทยฮอนด้าประกาศพักทีม[1]และสโมสรฟุตบอลอุบล ยูไนเต็ด​ถูกปรับตกชั้นสู่ไทยลีก 4[2] ทำให้สโมสรฟุตบอลราชนาวีและอยุธยา ยูไนเต็ด ที่อยู่ในกลุ่มสโมสรที่ต้องตกชั้นยังคงได้แข่งในไทยลีก 2 ต่อไป[3]ในฤดูกาลนี้สโมสรได้ สันติ ไชยเผือก ที่เคยคุมทีมให้สโมสรแบบชั่วคราวในไทยลีก 3 ฤดูกาล 2561 รอบเพลย์ออฟ มาคุมทีมแบบถาวร[4] แต่ในเดือนมีนาคม 2563 หลังจากสโมสรทำการแข่งขันในไทยลีก 2 ไปได้เพียงแค่ 4 นัด การแข่งขันฟุตบอลทุกระดับในประเทศไทยก็ต้องหยุดลงเนื่องด้วยประสบปัญหาการแพร่ระบาดของโรคติดเชื้อไวรัสโคโรนา 2019 ​ที่ระบาดไปทั่วโลก และพบผู้ติดเชื้อและเสียชีวิตในประเทศไทย รัฐบาลจึงได้ประกาศสถานการณ์ฉุกเฉิน ตลอดจนมีการใช้ข้อกำหนดต่างๆ ตามพรก.การบริหารราชการในสถานการณ์ฉุกเฉิน เช่น การห้ามบุคคลทั่วราชอาณาจักรออกนอกเคหสถานในเวลาที่กำหนด, การห้ามจัดกิจกรรมที่มีผู้มาชุมนุมจำนวนมาก ฯลฯทำให้สมาคมกีฬาฟุตบอลแห่งประเทศไทย​ได้มีมติให้เลื่อนการแข่งขันออกไปจนถึงเดือนกันยายน เพื่อป้องกันการแพร่ระบาดของไวรัส [5]ผลกระทบจากสถานการณ์ดังกล่าว ทำให้สโมสรต้องยกเลิกสัญญากับนักฟุตบอลในทีมหลายราย ทั้งที่บางรายเพิ่งเซ็นสัญญาและลงเล่นไปได้เพียงแค่ไม่กี่นัด