ฤดูกาล 2564–2565 เป็นฤดูกาลที่ 6 ของ สโมสรฟุตบอลอยุธยา ยูไนเต็ด ในระบบฟุตบอลลีกอาชีพของประเทศไทย โดยสโมสรจบด้วยอันดับ 9 ในไทยลีก 2 ฤดูกาล 2563–64ในช่วงก่อนเปิดฤดูกาลสโมสรได้รับผลกระทบจากการระบาดทั่วของโควิด-19 ในประเทศไทย​ ที่มียอดผู้ติดเชื้อภายในประเทศมากกว่า 1 ล้านคน และมีผู้เสียชีวิตกว่า 13,000 คน ทำให้เกิดภาวะขาดสภาพคล่องทางการเงินและเกิดปัญหาในการจัดหาผู้เล่นรวมถึงผู้ฝึกสอนมาร่วมทีม ทำให้ สโมสรฟุตบอลเมืองทอง ยูไนเต็ด​ ในไทยลีก​ได้ให้ความช่วยเหลือในการทำทีมฟุตบอลในฤดูกาลนี้ ด้วยการส่ง เจษฎา จิตสวัสดิ์​ ซึ่งเป็นผู้ฝึกสอนชุดเยาวชนรวมถึงนักฟุตบอลชุดเยาวชนของสโมสรหลายรายมาเล่นในระดับไทยลีก 2ให้กับ อยุธยา ยูไนเต็ด ด้วยสัญญายืมตัว นอกจากนี้ยังอนุญาตให้สโมสรใช้ธันเดอร์โดมสเตเดียม​เป็นสนามเหย้า ในช่วงที่สนามกีฬาจังหวัดพระนครศรีอยุธยา​ถูกใช้เป็นศูนย์ฉีดวัคซีน​ซิโนฟาร์มเพื่อสร้างภูมิคุ้มกันโรคติดเชื้อไวรัสโคโรนา 2019​ ให้กับประชาชนในพื้นที่จังหวัดพระนครศรีอยุธยา ตั้งแต่เดือนสิงหาคม – ตุลาคม 2564