โรงเรียนอัสสัมชัญธนบุรี เป็นสถาบันการศึกษาที่สร้างผลงานในการแข่งขันฟุตบอลระดับนักเรียนมาอย่างมากมาย เช่น การแข่งขันฟุตบอลนักเรียน กรมพลศึกษา นอกจากนี้ยังผลิตนักฟุตบอลระดับเยาวชนจนก้าวขึ้นไปติดทีมชาติไทยชุดใหญ่หลายราย โดยนอกจากการการแข่งขันฟุตบอลนักเรียนแล้ว โรงเรียนอัสสัมชัญธนบุรี ยังได้ส่งทีมเข้าร่วมการแข่งขันฟุตบอลชิงถ้วยพระราชทาน ซึ่งเป็นรายการของสมาคมฟุตบอลแห่งประเทศไทยอีกด้วย

ในปี พ.ศ. 2553 โรงเรียนอัสสัมชัญธนบุรี ประสบความสำเร็จในการแข่งขันฟุตบอลชิงถ้วยพระราชทานประเภท ข. โดยเข้าถึงรอบชิงชนะเลิศ ก่อนจะแพ้ให้กับ สโมสรฟุตบอลพนักงานหลักทรัพย์โกลเบล็ก ทำให้ได้รับตำแหน่งรองชนะเลิศ และได้เลื่อนชั้นขึ้นไปแข่งขันในลีกภูมิภาค ดิวิชั่น 2 เป็นครั้งแรก