สโมสรฟุตบอลอุตรดิตถ์เอฟซี เริ่มก่อตั้งเมื่อปี 2552 เพื่อเข้าร่วมการแข่งขันฟุตบอลอาชีพลีกภูมิภาค "ดิวิชั่น 2" ฤดูกาล 2552 เป็นฤดูกาลแรกที่จะแบ่งการแข่งขันเป็น 5 ลีกภูมิภาคของประเทศไทย เพื่อความสะดวกในการเดินทางแข่งขันของแต่ละสโมสร และเป็นการกระจายการแข่งขันฟุตบอลไปทั่วประเทศ โดยจะคัดเลือกทีมชนะเลิศของแต่ละภาค และรองชนะเลิศ ของลีกกรุงเทพฯเพื่อให้ได้ 6 สโมสร มาแข่งในระบบ ลีกอีกครั้ง โดยอันดับ 1-3 จะได้เลื่อนชั้นไปสู่ไทยลีกดิวิชั่น 1

สโมสรฟุตบอลจังหวัดอุตรดิตถ์สร้างผลงานในปี 2552 ด้วยการคว้าอันดับ 4 ของโซนภาคเหนือไปครอง หลังจากจบฤดูกาลสำหรับทีม "ไก่พาลี" อุตรดิตถ์ เอฟซี ซึ่งถือเป็นผลงานที่ไม่ธรรมดาสำหรับการส่งทีมเข้าประกวดในปีแรก และจากนี้ทีมก็ได้มีการเตรียมตัวเพื่อที่จะลงแข่งขันในฤดูกาลที่จะมาถึงนี้เป็นอย่างดี โดยทีมได้เริ่มมีการฝึกซ้อมกันมาเป็นเวลาประมาณ 1 สัปดาห์ และจัดโปรแกรมอุ่นเครื่องอย่างต่อเนื่องเพื่อเป็นการทดสอบตัวนักเตะ และเฟ้นหานักเตะในชุด 11 คนแรก ซึ่งในวันนี้ (10 มกราคม 2553) ก็เป็นการลงอุ่นเครื่องในนัดแรกกับทีมแพร่ ซึ่งผลปรากฏว่าทีมอุตรดิตถ์เอาชนะไปได้ 1-0 ในปีนี้ทีมได้มีการปรับเปลี่ยนเฮดโค้ชใหม่คือโค้ช สุรพล ธาตุระหัน ซึ่งอดีตเป็นอาจารย์สอนฟุตบอลที่กรุงเทพมหานคร ในปีนี้ได้เข้ามาช่วยคุมทีมอุตรดิตถ์ ส่วนทีมงานสตาฟฟ์ยังคงใช้ชุดเดิมและมี อดิเทพ อยู่สวัสดิ์ เป็นผู้ช่วย

ส่วนในปีนี้ประธานสโมสรยังคงเป็น พีระศักดิ์ พอจิตร นายกองค์การบริหารส่วนจังหวัดอุตรดิตถ์ ผู้จัดการทีมเปลี่ยนเป็น สำราญ เอื้อจิระวาณิชย์ นายกเทศบาลตำบลหัวดง ซึ่งงบประมาณในปีนี้คาดว่าจะมีประมาณ 3.5 ล้านบาท โดยได้รับการสนับสนุนจาก องค์การบริหารส่วนจังหวัดอุตรดิตถ์ และสปอนเซอร์ต่างๆ ภายในจังหวัด ซึ่งในขณะนี้ทั้งในส่วนของภาครัฐ และเอกชนก็เริ่มที่จะเห็นความสำคัญของกีฬาภายในจังหวัดอุตรดิตถ์ และให้การสนับสนุนทีมฟุตบอลอุตรดิตถ์กันเป็นอย่างดี คาดว่างบประมาณในปีนี้ถ้าหากได้รับการสนับสนุนเป็นอย่างดีงบประมาณก็น่าที่จะเพียงพอสำหรับค่าใช้จ่าย

สนามเหย้าในปีนี้ยังคงใช้สนามกีฬาจังหวัดอุตรดิตถ์เหมือนเดิม และมีการปรับปรุงเล็กน้อยในส่วนของการติดระบบเครื่องเสียง และติดเครื่องปรับอากาศในห้องพักนักกีฬา และห้องพักผู้ตัดสิน ซึ่งในส่วนนี้ได้รับงบประมาณจาก องค์การบริหารส่วนจังหวัดสนับสนุนแต่ในช่วงต้นปี 2554 สนามแห่งนี้น่าจะถูกใช้เป็นสนามในการจัดการแข่งขันกีฬาจังหวัดทีมอุตรดิตถ์จึงหาทางออกด้วยการเตรียมสนามสำรองไว้ 2 สนาม ซึ่งสนามแรกจะเป็นสนามในมหาวิทยาลัยราชภัฏอุตรดิตถ์ และสนามกีฬาเทศบาลตำบลหัวดง ถ้าหากสนามไหนได้มาตรฐานกว่าก็จะใช้สนามนั้นเป็นสนามเหย้าชั่วคราวไปก่อนหลังจากแข่งขันกีฬาเสร็จจึงกลับมาใช้สนามกีฬาจังหวัดอุตรดิตถ์อย่างเดิม [1]