อ่างทอง เอฟซี ก่อตั้งสโมสรในปี พ.ศ. 2553 ภายใต้การดูแลของ ส.ส.ภราดร ปริศนานันทกุล นักการเมืองหนุ่มไฟแรง โดยร่วมนาย สุรเชษฐ์ นิ่มสกุล นายกองค์การบริหารส่วนจังหวัดอ่างทอง นาย อำนาจ เดชทองคำ นั่งเก้าอี้โค้ชใหญ่ และมีที่ปรึกษาอย่าง นายสมศักดิ์ ปริศนานันทกุล โดยในเริ่มแรกได้ใช้สนามสถาบันการพลศึกษา วิทยาเขตอ่างทองเป็นสนามเหย้า ต่อมาเมื่อสนามกีฬาจังหวัดอ่างทองขององค์การบริหารส่วนจังหวัดอ่างทองสร้างเสร็จจึงเปลี่ยนมาใช้สนามกีฬาจังหวัดอ่างทองเป็นสนามเหย้าแทน โดยในปีแรกที่ส่งทีมเข้าร่วมการแข่งขันสามารถจบฤดูกาลได้ในอันดับที่ 13 จากทีมที่เข้าร่วมการแข่งขันทั้งหมด 16 ทีม

ในฤดูกาล 2554 อ่างทองเอฟซี ได้ปรับปรุงทีมหลายอย่าง มีการซื้อนักเตะต่างชาติเข้ามาร่วมทีม นำนักเตะชาวอ่างทองที่ไปค้าแข้งอยู่ทีมอื่น ๆ กลับมาช่วยเล่นให้บ้านเกิดหลายคน สามารถสร้างผลงานได้ดีจนจบเลกแรกด้วยอันดับ 5