สโมสรฟุตบอลเอฟเวอร์ตันเป็นสโมสรฟุตบอลที่เก่าแก่แห่งหนึ่งของประเทศอังกฤษ ก่อตั้งขึ้นในปี ค.ศ. 1878 โดยใช้ชื่อว่า สโมสรฟุตบอลเซนต์โดมิงโกตามชื่อโบสถ์แห่งหนึ่งในเมืองลิเวอร์พูล และเปลี่ยนชื่อเป็นสโมสรฟุตบอลเอฟเวอร์ตันในปี 1884 ในยุดก่อตั้งสโมสร เอฟเวอร์ตันใช้สนามแอนฟีลด์โรดเป็นสนามเหย้า โดยมี จอห์น โฮลดิง ซึ่งดำรงตำแหน่งนายกเทศมนตรีเมืองลิเวอร์พูลและสมาชิกสภาผู้แทนพรรคอนุรักษนิยมเป็นประธานสโมสร

เอฟเวอร์ตันคว้าแชมป์แรกได้ในฤดูกาล 1890-1891 ซึ่งในปีนั้น "ทอฟฟีสีน้ำเงิน" มีชุดทีมเป็นเสื้อสีชมพูอ่อน กางเกงสีฟ้า ถุงเท้าสีฟ้า และต่อมากลุ่มแฟนบอล เอฟเวอร์ตัน ได้เรียกร้องให้ใช้เสื้อสีน้ำเงิน กางเกงสีขาว ถุงเท้าสีขาว เป็นชุดประจำสโมสรมาจนถึงปัจจุบัน

เมื่อวันที่ 15 มี.ค.1892 ผู้บริหารสโมสรได้ตัดสินใจปลด จอห์น โฮลดิง ออกจากตำแหน่งและได้ย้ายทีมเอฟเวอร์ตันไปยังฝั่งตะวันตกของสแตนลีย์พาร์ก ซึ่งในสมัยนั้นเรียกพ้นที่บริเวณนั้นว่า กรีน เมอร์ ต่อมาสนามแห่งนั้นถูกเรียกชื่อตามถนน เป็นกูดิสันพาร์ก จนถึงปัจจุบันในฤดูกาล 1893-1894 แจ็ค เซาธ์เวิร์ธ เป็นดาวยิงสูงสุดของลีกอังกฤษ ด้วยจำนวน 27 ประตู ซึ่งอดีตนักเตะแบล็กเบิร์นโรเวอส์รายนี้ถือเป็นดาวซัลโวสูงสุดรายแรกของเอฟเวอร์ตัน

ฤดูกาล 1927-1928 (หลังสงครามโลกครั้งที่ 1)เอฟเวอร์ตัน ได้สร้างสถิติที่ไม่มีใครลบได้จนถึงปัจจุบัน เมื่อดิ๊กซี่ ดีน กองหน้าชาวอังกฤษทำประตูให้กับสโมสรได้ถึง 60 ประตูในหนี่งฤดูกาล และเป็นสถิติการทำประตูในหนึ่งฤดูกาลที่มากที่สุดในลีกอังกฤษ

เอฟเวอร์ตันเริ่มต้นยุคใหม่ในปี 1961 (หลังสงครามโลกครั้งที่ 2) เมื่อได้จอห์น มัวส์ มหาเศรษฐีชาวเมืองลิเวอร์พูล ที่เป็นเจ้าของกิจการลิต เติลวูด พูล และ ธุรกิจการส่งของทางอากาศ เป็นประธานสโมสร โดยมี แฮร์รี แคทเทอร์ริค เป็นผู้จัดการทีม ซึ่ง เอฟเวอร์ตัน ยุคนั้นมี โฮเวิร์ด เคนดัลล์, อลัน บอลล์ และ โคลิน ฮาร์วีย์ เป็นกำลังสำคัญซึ่งทั้ง 3 พาทีมครองแชมป์ลีกสูงสุดของอังกฤษได้อีกครั้งในฤดูกาล 1962-1963 ก่อนที่ แฮร์รี แคตเทอร์ริค จะลาออกจากตำแหน่งผู้จัดการทีมเนื่องจากมีปัญหาด้านสุขภาพ

หลังจากนั้น บิลลี บิงแฮม ได้ทำหน้าที่ผู้จัดการทีมแทน แคตเทอร์ริค แต่เอฟเวอร์ตัน ก็ไม่เคยคว้าแชมป์ได้เลยตลอดระยะเวลา 3 ปีที่คุมทีม จนในที่สุดบอร์ดบริหารได้ตัดสินใจปลด บิงแฮม ออกจากตำแหน่ง และแต่งตั้ง กอร์ดอน ลี มารับตำแหน่งแทน แต่ผลงานโดยรวมของ เอฟเวอร์ตัน ก็ไม่ดีขึ้นแต่งอย่างใด

ในช่วงทศวรรษที่ 1980-1990 เป็นการกลับมายิ่งใหญ่อีกครั้งของทีมสีน้ำเงิน เมื่อ ฟิลิป คาร์เตอร์ เข้ามารับตำแหน่งประธานสโมสร แทนที่จอห์น มัวร์ส และได้ดึง โฮเวิร์ด เคนดัลล์ เป็นผู้จัดการทีม โดยที่ เคนดัลล์ นำความสำเร็จมาสู่เอฟเวอร์ตันอีกครั้ง โดยพาทีมคว้าแชมป์ เอฟ เอ คัพ ในปี 1984 และสามารถเอาชนะลิเวอร์พูลในศึกแชริตี้ ชิลด์ ปีถัดมายังได้แชมป์ดิวิชั่น1 มาครอง ในปี 1984-1985 โดยทิ้งลิเวอร์พูลอันดับ 2 ถึง 13 แต้ม และคว้าแชมป์ยูโรเปี้ยนส์คัพวินเนอร์คัพมาครอง ด้วยการ ถล่มราปิด เวียนนา จากออสเตรีย 3-1 ฤดูการ 1986-87 เอฟเวอร์ตันกลับมาคว้าแชมป์ลีกสูงสุดอีกครั้ง และเป็นครั้งล่าสุดที่ทำได้ทศวรรษที่ 1990 เอฟเวอร์ตัน ได้มีการเปลี่ยนแปลงประธานสโมสรอีกครั้งโดยมี ปีเตอร์ จอห์นสัน เข้ามาบริหารงาน และได้มีการเปลี่ยนแปลงผู้จัดการทีมเป็น โจ รอยส์ , โคลิน ฮาร์วีย์ และ โฮเวิร์ด เคนดัลล์ ซึ่งทั้งหมดคือดีตนักเตะของทีมนั่นเอง แต่ผลงานของทีมก็ไม่ดีขึ้น ซึ่งตลอดระยะเวลาดังกล่าวทีมได้แชมป์ เอฟ เอ คัพ ในปี 1995 เท่านั้น

จนกระทั่งปี 1999 บิลล์ เคนไรท์ ได้เข้ามารับตำแหน่งประธานสโมสรและได้แต่งตั้ง วอลเตอร์ สมิธ เป็นผู้จัดการทีม จนถึงปี 2002 เอฟเวอร์ตัน ก็ได้ตัว เดวิด มอยส์ เป็นผู้จัดการทีมคนใหม่ โดยในฤดูกาลแรก เดวิด มอยส์ พาเอฟเวอร์ตัน หนีตกชั้นได้สำเร็จโดยจบฤดูกาลด้วยอันดับที่ 15 ฤดูกาลต่อมาก็พาทีมสร้างผลงานอันสุดยอดโดยการจบฤดูกาลด้วยอันดับ 7 แม้ว่าฤดูกาลต่อมานักเตะจะเล่นด้วยความรู้สึกเหมือนไร้หัวใจ จนเกือบร่วงสู่ลีกแชมเปี้ยนชิพโดยมีคะแนนอยู่เหนือโซนตกชั้นเพียง 3 คะแนน และเริ่มฤดูกาล 2003-2004 โดยการสูญเสียดาวยิงที่เป็นความหวังของทีมอย่าง เวน รูนี่ย์ ไปให้แมนเชสเตอร์ยูไนเต็ด แต่เดวิด มอยส์ กลับสร้างเซอร์ไพรซ์ ด้วยการพาทีมจบฤดูกาลด้วยอันดับที่ 4 คว้า ตั๋วใบสุดท้ายไปเล่น ยูฟ่า แชมเปียนส์ลีกรอบคัดเลือก และสร้างความหวังให้แก่สาวกของเอฟเวอร์โตเนี่ยน แต่ก็ต้องผิดหวังเมื่อไม่สามารถผ่านรอบคัดเลือก และยังกระเด็นตกรอบยูฟ่าคัพอีกด้วย ถือเป็นฤดูกาลที่น่าเจ็บปวด แถมผลงานในฤดูกาล 2004 - 2005 นั้นก็ไม่เป็นอย่างที่หวัง เพราะเอฟเวอร์ตันออกตัวได้อย่างย่ำแย่ โดยไม่เหลือเค้าทีมที่เคยคว้าอันดับ 4 เมื่อฤดูกาลก่อน จนมีเสียงวิพากษ์วิจารณ์การทำงานของเดวิด มอยส์ และเสียงเรียกร้องจากแฟนบอลทั่วโลกให้ปลดผู้จัดการทีมออก แต่อย่างไรก็ตามบอร์ดบริหารของสโมสรยังคงไว้ใจให้เขาทำหน้าที่ผู้จัดการทีมต่อไป และ เดวิด มอยส์ ก็ได้พิสูจน์ให้เห็นความสามารถที่แท้จริงของเขา เมื่อสามารถทำให้เอฟเวอร์ตันจบฤดูกาล ได้ด้วยอันดับที่ 11ฤดูกาล 2006-2007 เอฟเวอร์ตันยังคงมุ่งมั่นที่จะพัฒนาตัวเองให้กลายเป็นทีมระดับต้น ๆ ของพรีเมียร์ชิป ภายใต้การทำทีมของ เดวิด มอยส์ ที่ยังคงเสาะหานักเตะฝีเท้าดีราคาถูกเข้ามาสู่ทีมอย่างไม่ขาดสาย ผลงานของเอฟเวอร์ตันดีวันดีคืนจนกระทั่งสามารถจบฤดูกาลด้วยอันดับที่ 6 คว้าโควตาไปเล่น ยูฟ่า คัพ ได้สำเร็จและเริ่มต้นฤดูกาลด้วยความร้อนแรง จนสร้างความหวังให้แก่สาวกเอฟเวอร์โตเนี่ยนว่าความยิ่งใหญ่กำลังจะกลับมา รวมถึงทำผลงานได้อย่างยอดเยี่ยมในถ้วย ยูฟ่า คัพ ด้วยการผ่านรอบแบ่งกลุ่มพร้อมเก็บ 12 คะแนนเต็ม เดวิด มอยส์ ทำหน้าที่ผู้จัดการทีมได้อย่างยอดเยี่ยมมาจนถึงปัจจุบัน และกล้าประกาศตัวที่จะคว้าโควตา ไปเล่น ยูฟ่าแชมเปียนส์ลีก โดยการจบฤดูกาลด้วยอันดับที่ 4 เป็นอย่างน้อย ซึ่ง พัฒนาการของทีมที่เห็นเป็นรูปธรรมนั้น ทำให้แฟนบอลเชื่อมั่นว่า เอฟเวอร์ตันกำลังเข้าสู่ยุครุ่งเรือง เมื่อ เดวิด มอยส์ ส่งสัญญาณการคุมทีมระยะยาว โดยการคัดเลือกดาวรุ่งฝีเท้าดีเข้ามาเติมเต็มถิ่นกูดิสัน ปาร์กอย่างต่อเนื่อง ภายใต้วิสัยทัศน์และสติปัญญาของเดวิดมอยส์ที่เน้นคุณภาพในราคาประหยัด ตามลักษณะนิสัยโดยทั่วไปของชาวสก๊อต นั่นทำให้เอฟเวอร์ตันเป็นอีกทีมหนึ่งที่มีอนาคตสดใส ในฤดูกาล2008-2009 เอฟเวอร์ตันสามารถผ่านเข้าไปรอบชิงชนะเลิศฟุตบอล เอฟเอคัพได้สำเร็จแต่ก็พลาดท่าแพ้เชลซีไป2-1และจบฤดูกาลได้อันดับ5ได้โควตาไปเล่นยูฟ่าคัพซึ่งทำให้ความคาดหวังของแฟนเชียร์สูงขึ้นมาก แต่ในฤดูกาล 2009-2010 เอฟเวอร์ตันเริ่มนัดแรกด้วยการพ่ายแพ้ให้กับอาร์เซนอลชนิดไม่มีลุ้นด้วยสกอร์ 6-1 ทำให้มอยส์เริ่มดึงตัวนักเตะราคาแพงอย่าง ดินิยาร์ บิลยาเลตดินอฟ ปีกทีมชาติรัสเซีย และจอห์น ไฮติงก้า กองหลังทีมชาติฮอลแลนด์ เอฟเวอร์ตันมีผลงานดีขึ้นเรื่อยๆซึ่งในฤดูกาลนี้มีสิ่งที่น่าจดจำคือ หลุยส์ ซาฮา อดีตกองหน้าแมนเชสเตอร์ยูไนเต็ด ยิง 2 ประตูให้เอฟเวอร์ตันพลิกชนะเชลซี 2-1 พร้อมกับการแจ้งเกิดอย่างเต็มตัวของ แจ็ค ร็อดเวลล์ และ แดน กอสลิ่ง 2 ดาวรุ่งของทีมซึ่งยิงประตูให้ทีมชนะแมนเชสเตอร์ยูไนเต็ดไปได้ 3-1 โดยในเกมส์ดังกล่าว ดินิยาร์ บิลยาเลตดินอฟ ได้ทำประตูด้วย ซึ่งทั้งสองเกมส์เกิดขึ้นในสองสัปดาห์ติดกัน

โดยในฤดูกาล 2010-2011 เดวิด มอยส์ ได้เริ่มซื้อและยืมตัวนักเตะจากสโมสรชื่อดังในต่างๆ ในแต่ละประเทศเข้ามาเพิ่มมากขึ้น อาทิเช่น อริก ดิเออร์ จาก สปอร์ติงลิสบอน , แยน มูค่า นายประตูชาว สโลวาเกีย เป็นต้น โดยนัดแรกมอยส์ออกสตาร์ทฤดูกาลได้ไม่ค่อยดีนัก เมื่อเอฟเวอร์ตันเอาชนะคู่แข่งไม่ได้ถึง 6 นัด ซึ่งเป็นการแพ้ 3 นัดและเสมออีก 3 นัด โดยนัดแรกแพ้ให้กับ แบล็กเบิร์น โรเวอร์ส ไป 1-0 ที่ อีวู๊ด พาร์ก และ มาเสมอกับ วูล์ฟแฮมตัน วันเดอเรอส์ ในบ้านของตัวเอง 1-1 แต่มอยส์ก็สามารถสร้างความฮึกเหิมด้วยการยันเสมอ แมนเชสเตอร์ยูไนเต็ด ที่ กูดิสัน พาร์ก ในนัดที่ 4 ซึ่งเอฟเวอร์ตันสามารถไล่ตามตีเสมอ แมนเชสเตอร์ยูไนเต็ด แบบหวุดหวิดด้วยสกอร์ 3-3 ในช่วงทดเวลาบาดเจ็บจากประตูของ ทิม เคฮิล และมิเกล อาร์เตตา และหลังจากนั้น มอยส์ ก็นำลูกทีมคว้าชัยนัดแรกของฤดูกาลโดยในการไปเยือน เบอร์มิงแฮม ซิตี้ และเอาชนะไป 2-0 หลังจากนั้นก็สามารถชนะคู่แข่งร่วมเมืองอย่าง ลิเวอร์พูล ในบ้านของตนได้ 2-0 ในฤดูกาลนี้ มอยส์ สร้างความแปลกประหลาดใจให้กับแฟนเอฟเวอร์ตันได้หลายครั้ง โดยการเอาชนะทีมใหญ่ อาทิเช่น บุกไปเฉือน แมนเชสเตอร์ซิตี 2-1 ถึง เอติฮัต สเตเดี้ยม (และในบ้านของเอฟเวอร์ตันก็เอาชนะไปได้ 2-1), ชนะ ท็อตแน่ม ฮ็อตสเปอร์ ได้ในบ้านของตน 2-1, ชนะนิวคาสเซิล ยูไนเต็ด ได้ 2-1 ที่เซนต์ เจมส์ พาร์ก และปิดท้ายในฤดูกาลได้อย่างสุดสวยด้วยเอาการชนะ เชลซี 2-1 ในบ้านของตน โดยมอยส์นำทีมจบอันดับที่ 7 ของ พรีเมียร์ลีก ในฤดูกาล 2010-11

ในช่วงฤดูกาล 2011-12 เดวิด มอยส์ ได้ซื้อนักเตะใหม่ที่มีชื่อเสียงในระดับกลางเช่น นิกิซา เยลาวิช , ดาร์รอน กิ๊บสัน จากแมนเชสเตอร์ยูไนเต็ด เป็นต้น

ซึ่งนัดแรกของฤดูกาลกลับออกสตาร์ทได้อย่างผิดพลาดโดยแพ้ในบ้านให้กับทีมที่เพิ่งเลื่อนชั้นขึ้นมาอย่าง ควีนส์พาร์ก เรนเจอร์ส ไป 1-0 แต่นัดถัดมาสามารถแก้ตัวด้วยการบุกไปเอาชนะ แบล็คเบิร์น โรเวอร์ส ได้ 1-016ในวันที่ 1 กรกฎาคม ค.ศ. 2013 เดวิด มอยส์ ซึ่งหมดสัญญากับเอฟเวอร์ตัน ได้ย้ายไปรับตำแหน่งผู้จัดการทีม แมนเชสเตอร์ยูไนเต็ด แทนที่ เซอร์อเล็กซ์ เฟอร์กูสัน ที่ลงจากตำแหน่งหลังจากคุมทีมมาอย่างยาวนาน โดย มอยส์ เซ็นต์สัญญาเป็นนายใหญ่ให้กับทีมจากถิ่น โอลด์ แทร็ฟฟอร์ด เป็นระยะเวลาถึง 6 ปีด้วยกัน โดยเอฟเวอร์ตันได้ประกาศแต่งตั้ง โรแบร์โต้ มาร์ติเนซ ผู้จัดการทีมชาวสเปน วัย 39 ปี จาก วีแกน แอธเลติก ขึ้นดำรงตำแหน่งผู้จัดการทีมเมื่อวันที่ 5 มิถุนายน ค.ศ. 2013 ด้วยสัญญา 4 ปี

ในวันที่ 27 กุมภาพันธ์ ค.ศ. 2016 สโมสรได้แถลงอย่างเป็นทางการว่า ฟาฮัด โมชีรี นักธุรกิจชาวอังกฤษเชื้อสายอิหร่านได้เข้าซื้อกิจการสโมสรเป็นที่เรียบร้อยแล้วโดยโมชีรีถือหุ้นจำนวน 49.9 % ทำให้เขากลายเป็นผู้ถือหุ้นใหญ่ในทันทีซึ่งโมชีรีได้ประกาศว่าจะพาเอฟเวอร์ตันกลับมายิ่งใหญ่ภายใน 3 ปี

แต่ต่อมาก่อนที่จะสิ้นฤดูกาลเพียงนัดเดียว สโมสรได้ทำการปลดมาร์ติเนซออกจากตำแหน่ง เนื่องจากผลงานในระยะหลัง ๆ ล้มเหลวอย่างสิ้นเชิง โดย 10 นัด ชนะเพียงแค่นัดเดียวเท่านั้น