สโมสรก่อตั้งขึ้นในปี ค.ศ. 1946 หลังสงครามโลกครั้งที่สองสิ้นสุดลง ในชื่อสโมสรฟุตบอลเกรฟเซนด์ แอนด์ นอร์ทฟลีต โดยเกิดจากการควบรวมกิจการของ 2 สโมสรฟุตบอลที่ตั้งอยู่ในเขตเกรฟแชม เทศมณฑลเคนต์ อันได้แก่ สโมสรฟุตบอลเกรฟเซนด์ ยูไนเต็ด (ก่อตั้งในปี ค.ศ. 1893) และสโมสรฟุตบอลนอร์ทฟลีต ยูไนเต็ด (ก่อตั้งในปี ค.ศ. 1890)

หลังจากการรวมกิจการ สโมสรฟุตบอลเกรฟเซนด์ แอนด์ นอร์ทฟลีต เลือกใช้สีเสื้อแข่งชุดเหย้าเป็นสีแดงและขาว ตามรูปแบบเดิมของสโมสรฟุตบอลนอร์ทฟลีต ยูไนเต็ด รวมถึงยังคงใช้สนามกีฬาสโตนบริดจ์โรด ของนอร์ทฟลีต ยูไนเต็ด เป็นสนามเหย้าของทีม

สำหรับผู้เล่นที่เป็นที่จดจำของสโมสรได้แก่รอย ฮอดจ์สัน ซึ่งต่อมาได้กลายเป็นผู้จัดการทีมให้กับอินเตอร์ มิลาน, ลิเวอร์พูล, เวสต์บรอมวิช อัลเบียน, ทีมชาติอังกฤษ และคริสตัล พาเลซ โดยฮอดจ์สัน เล่นในตำแหน่งกองหลังให้กับสโมสรในช่วงฤดูกาล 1969–1971[1]

ปี ค.ศ. 1979 เกรฟเซนด์ แอนด์ นอร์ทฟลีต ได้เป็นหนึ่งในสโมสรที่ร่วมก่อตั้งอลิอันซ์ พรีเมียร์ลีก (ต่อมาเปลี่ยนชื่อเป็น คอนเฟอเรนซ์ ลีก และเปลี่ยนชื่อเป็น เนชันนัลลีก ในปัจจุบัน) ซึ่งเป็นลีกสูงสุดในระดับฟุตบอลกึ่งอาชีพของประเทศอังกฤษ[2] แต่กลับต้องตกชั้นลงไปแข่งขันในเซาท์เทิร์น พรีเมียร์ลีก ซึ่งเป็นลีกสมัครเล่นในอีก 3 ฤดูกาลต่อมา[3]

ในฤดูกาล 1997–98 สโมสรฟุตบอลเกรฟเซนด์ แอนด์ นอร์ทฟลีต ย้ายจากเซาท์เทิร์น พรีเมียร์ลีก มาแข่งขันในอิสต์เมียน ลีก ระดับ พรีเมียร์ ดิวิชัน และสามารถคว้าแชมป์ได้เมื่อจบฤดูกาล 2001–02 ทำให้ได้เลื่อนชั้นกลับขึ้นมาแข่งขันในระดับคอนเฟอเรนซ์ ลีก ต่อมาในเดือนพฤษภาคม ค.ศ. 2007 สโมสรได้เปลี่ยนชื่อเป็น สโมสรฟุตบอลเอ็บส์ฟลีต ยูไนเต็ด[4]

MyFootballClub เข้าถือครองกิจการ

เดือนพฤศจิกายน ค.ศ. 2007 เว็บไซต์ MyFootballClub ได้เข้าถือหุ้นกว่า 75% ของสโมสร เป็นมูลค่าประมาณ 700,000 ปอนด์สเตอร์ลิง ด้วยวิธีการระดมทุนจากสมาชิกกว่า 27,000 คน และได้เข้ามาบริหารสโมสร โดยให้สมาชิกมีส่วนร่วมโหวตในการตัดสินใจดำเนินการในเรื่องสำคัญต่างๆของสโมสร เช่นการเลือกซื้อตัวผู้เล่น , การกำหนดค่าจ้างของผู้เล่น รวมถึงการเลือกตัวผู้จัดการทีม

ในฤดูกาล 2007–08 อันเป็นฤดูกาลแรกในการบริหารกิจการของ MyFootballClub สโมสรสามารถคว้าแชมป์ เอฟเอ โทรฟี ได้สำเร็จ โดยในรอบชิงชนะเลิศที่สนามกีฬาเวมบลีย์ สโมสรสามารถเอาชนะ สโมสรฟุตบอลทอร์คีย์ ยูไนเต็ด 1–0 ทำให้เป็นสโมสรฟุตบอลที่มาจากเทศมณฑลเคนต์ ทีมแรกที่สามารถคว้าแชมป์ได้ในรายการนี้ อย่างไรก็ตามในฤดูกาล 2009–10 สโมสรทำผลงานได้อย่างย่ำแย่จนต้องตกชั้นอีกครั้งหนึ่ง และกลับลงไปแข่งขันในระดับคอนเฟอเรนซ์ เซาท์

หลังตกชั้นลงมาแข่งขันในคอนเฟอเรนซ์ เซาท์ สโมสรใช้เวลาเพียงแค่ฤดูกาลเดียวก็สามารถเลื่อนชั้นกลับขึ้นมาเล่นในระดับคอนเฟอเรนซ์ พรีเมียร์ ได้อีกครั้งเมื่อสามารถเอาชนะสโมสรฟุตบอลฟาร์นโบโร ได้ 4–2 ในรอบเพลย์ออฟ

ในเดือนธันวาคม ค.ศ. 2011 สโมสรประสบปัญหาหนี้สินและการขาดสภาพคล่องทางการเงิน รวมถึงมียอดผู้ชมในสนามที่ลดน้อยลง [5] ก่อนที่ในฤดูกาล 2012–13 สโมสรจะตกชั้นลงไปแข่งขันในคอนเฟอเรนซ์ เซาท์ อีกครั้ง และมีการขายสโมสรในเวลาต่อมา

ถูกบริหารโดยกลุ่มทุนจากคูเวต

ในเดือนพฤษภาคม ค.ศ. 2013 เคอีเอช สปอร์ตส์ ซึ่งเป็นกลุ่มบริษัทจากประเทศคูเวต ที่เคยบริหารสโมสรฟุตบอลชาร์ลตันแอธเลติก ได้ซื้อกิจการของสโมสรต่อจาก MyFootballClub พร้อมทั้งชำระหนี้และเพิ่มงบประมาณในการบริหารทีม

ในการแข่งขันคอนเฟอเรนซ์ เซาท์ ฤดูกาล 2013–14 สโมสรจบฤดูกาลด้วยอันดับ 4 และได้แข่งในรอบเพลย์ออฟเพื่อเลื่อนชั้น โดยในการแข่งขันรอบเพลย์ออฟสโมสรสามารถเข้าถึงรอบชิงชนะเลิศ แต่ก็ต้องพ่ายแพ้ให้กับ สโมสรฟุตบอลโดเวอร์ แอธเลติก 1–0 ทำให้พลาดโอกาสเลื่อนชั้นอย่างน่าเสียดาย ต่อมาในฤดูกาล 2015–16 สโมสรสามารถคว้าตำแหน่งรองแชมป์ได้สำเร็จ แต่กลับต้องพ่ายแพ้ให้กับ เมดสโตน ยูไนเต็ด​ ในการแข่งขันเพลย์ออฟรอบชิงชนะเลิศอีกครั้งหนึ่ง

ในฤดูกาล 2016–17 สโมสรสามารถคว้าตำแหน่งรองแชมป์ได้เป็นปีที่ 2 ติดต่อกัน โดยในการแข่งขันเพลย์ออฟรอบชิงชนะเลิศ สโมสรสามารถเอาชนะสโมสรฟุตบอลเชล์มฟอร์ด ซิตี ได้ 2–1 และได้เลื่อนชั้นขึ้นไปแข่งขันในเนชันนัลลีก