สโมสรฟุตบอลอาชีพจังหวัดแพร่ ก่อตั้งขึ้นใน พ.ศ. 2552 ภายใต้การจดทะเบียนในนาม บริษัท ฟุตบอลแพร่ ยูไนเต็ด จำกัด ผลงานในฤดูกาลแรกไม่ค่อยดีนัก สโมสรจบอันดับในเกือบท้ายตารางของดิวิชัน 2 โซนภาคเหนือ ทำให้ฤดูกาลถัดมา สโมสรต้องเปลี่ยนแปลงการบริหาร โดยแต่งตั้งพงษ์สวัสดิ์ ศุภศิริ เป็นประธานสโมสร และประสงค์ ชุ่มเชย เป็นผู้จัดการทีม งบประมาณทำทีมของแพร่ ยูไนเต็ด ในฤดูกาล 2553 มีประมาณ 6 ล้านบาท โดยได้รับการสนับสนุนจากองค์การบริหารส่วนจังหวัดแพร่, สมาคมกีฬาจังหวัดแพร่ และการกีฬาแห่งประเทศไทย

ในวันที่ 28 กันยายน พ.ศ. 2562 แพร่ ยูไนเต็ด ได้เลื่อนชั้นสู่ไทยลีก 2 เป็นครั้งแรกในประวัติศาสตร์สโมสร หลังจากที่ทีมบุกไปเอาชนะแกรนด์ อันดามัน ระนอง ยูไนเต็ด ถึงถิ่น 1–0[2]