ในฐานะที่ทีมจนอับดับสี่ที่ดีที่สุดในแชมเปียนส์ลีก รอบแบ่งกลุ่ม, ยูไนเต็ดถูกจับสลากสำหรับการจับสลากประกบคู่ ยูโรปา ลีก รอบ 32 ทีมสุดท้าย, พร้อมกับผู้ชนะในรอบแบ่งกลุ่ม. การจับสลากประกบคู่ได้จัดขึ้นเมื่อวันที่ 14 ธันวาคม ค.ศ. 2015 และผลปรากฏว่า ยูไนเต็ด ถูกจับสลากพบกับ แชมป์จากเดนมาร์ก มิดทิลแลนด์, กับเกมเยือนก่อนที่จะเกิดขึ้นในวันที่ 18 กุมภาพันธ์ และเกมนัดเหย้าในวันที่ 25 กุมภาพันธ์ ค.ศ. 2016.[17] แม้จะมีการประเดิมรอบ 32 ทีมสุดท้ายได้แบบหืดจับ, โดยที่ยูไนเต็ดเป็นฝ่ายมีชัยจากผลในนัดแรกที่พ่ายแพ้มาก่อนที่ประเทศเดนมาร์กด้วยสกอร์ 2–1 แต่เอาชนะอย่างขาดลอยได้ในเกมเลกที่สอง ทำให้สกอร์รวมสองนัด ยูไนเต็ด ผ่านเข้ารอบไปได้ด้วยสกอร์ 6–3. การจับสลากรอบ 16 ทีมสุดท้าย, ซึ่งจัดขึ้นเมื่อวันที่ 26 กุมภาพันธ์, พบกับ ทีมคู่รักคู่อริตลอดกาลร่วมลีกอย่าง ลิเวอร์พูล สำหรับการพบกันครั้งแรกในฟุตบอลสโมสรยุโรประหว่างสองสโมสร.[18]