ในฐานะที่เป็นหนึ่งในเจ็ดสโมสรจากอังกฤษที่ได้สิทธิ์ผ่านเข้าไปเล่นฟุตบอลสโมสรยุโรปในฤดูกาล 2015–16, ยูไนเต็ดได้รับสิทธิ์บายในรอบที่สามของอีเอฟแอลคัพ. การจับสลากสำหรับรอบที่สามจะจัดขึ้นในวันที่ 24 สิงหาคม ค.ศ. 2016. ยูไนเต็ดได้ถูกจับสลากในรอบที่สามออกไปเยือนพบกับ นอร์แธมป์ตัน ทาวน์. แมตช์ได้จัดวางโปรแกรมการแข่งขันเมื่อวันที่ 21 กันยายน ค.ศ. 2016 และ แมนเชสเตอร์ยูไนเต็ด ชนะ 3–1, ไมเคิล คาร์ริก, อันเดร์ เอร์เรรา และ มาร์คัส แรชฟอร์ด เป็นผู้ทำประตู. อเล็กซ์ เรเวลล์ ทำประตูให้กับนอร์แธมป์ตันจากลูกโทษในเขตโทษในนาทีที่ 42 ของเกม.

การจับสลากสำหรับรอบถัดไปจะจัดขึ้นช่วงสั้นๆ หลังจบแมตช์ และ ยูไนเต็ดได้ถูกจับสลากเล่นเกมในบ้านของตัวเองพบกับ แมนเชสเตอร์ซิตี. เกมนัดนี้ลงเล่นไปเมื่อวันที่ 26 ตุลาคม ค.ศ. 2016. เดอะ เร้ดส์ ชนะ 1–0 จากประตูโทนประตูเดียวของ ควน มาตาเป็นผู้ทำประตูได้ในนัดนี้.

การจับสลากรอบที่ห้าได้จัดขึ้นหลังจากนั้นไม่นานและแมนเชสเตอร์ยูไนเต็ดรับมือเวสต์แฮมที่บ้านของปีศาจแดง. นัดนี้จะได้ลงเล่นเมื่อวันที่ 30 พฤศจิกายน ค.ศ. 2016. ยูไนเต็ด ชนะ 4–1, จากการเหมาเบิ้ลคนละสองประตูของ ซลาตัน อีบราฮีมอวิช และ อ็องตอนี มาร์ซียาล. อดีตผู้เล่นเยาวชนแมนเชสเตอร์ยูไนเต็ด, แอชลีย์ เฟล็ตเชอร์ เป็นผู้ทำประตูเดียวเท่านั้นให้กับเดอะ แฮมเมอร์ส ในนาทีที่ 35.

การจับสลากรอบรองชนะเลิศจะจัดขึ้นทันทีหลังจบเกมและเดอะ เร้ดส์ ได้ถูกจับสลากมาพบกับ ฮัลล์ ซิตี. เลกแรกได้ถูกวางโปรแกรมการแข่งขันในวันที่ 10 มกราคม ค.ศ. 2017 ที่เหย้า และ ยูไนเต็ด ชนะ 2–0, โดยได้รับการขอบคุณต่อประตูมาจาก ควน มาตา และ มารวน แฟลายนี, กับระยะหลังที่ถูกซื้อมาหลังจากถูกเปลี่ยนตัวผู้เล่น. เลกที่สองจะได้ลงเล่นในวันที่ 26 มกราคม ค.ศ. 2017 ที่สนาม เคคอม สเตเดียม, 2–1 แต่ได้ผ่านเข้าสู่รอบชิงชนะเลิศด้วยผลรวม 3–2 ที่จะลงเล่นพบกับ เซาแทมป์ตัน.