สโมสรก่อตั้งขึ้น ในปี พ.ศ. 2558 ในชื่อ สโมสรฟุตบอลขุนพล โคปูน โดยเป็นสโมสรฟุตบอลท้องถิ่นของหมู่บ้านโคปูน ในตำบลบ้านหม้อ อำเภอพรหมบุรี จังหวัดสิงห์บุรี และลงแข่งขันฟุตบอลระดับสมัครเล่นของท้องถิ่นในรายการต่างๆ

ไทยลีก อเมเจอร์ ทัวร์นาเมนต์

ในปี พ.ศ. 2559 สโมสรส่งทีมสมัครเข้าร่วมการแข่งขันฟุตบอลในรายการของสมาคมฟุตบอลแห่งประเทศไทยเป็นครั้งแรก ในไทยลีก อเมเจอร์ ทัวร์นาเมนต์ ฤดูกาล 2559 โดยเปลี่ยนมาใช้ชื่อทีมว่า สิงห์บุรี โคปูน เอฟซี และได้ ชินโชติ นาทะสัน อดีตกองหน้าของสโมสรฟุตบอลธนาคารกรุงเทพและเชียงราย ยูไนเต็ด เข้ามาเป็นผู้ฝึกสอนคนแรก

โดยสโมสรฟุตบอลสิงห์บุรี โคปูน ลงแข่งขันอย่างเป็นทางการนัดแรกในวันที่ 9 มกราคม พ.ศ. 2560 ในนัดที่ชนะ สโมสรฟุตบอลราชบุรี เอ็นเอ็นเค บีพีเอฟ ยูไนเต็ด 4–0 ที่สนามฝึกฟุตบอลแห่งชาติหนองจอก โดย ธันวา เพ็ญจันทร์ คือผู้เล่นที่ยิงประตูแรกให้กับสโมสรในการแข่งขันอย่างเป็นทางการ

ในการแข่งขันรายการดังกล่าว สโมสรทำผลงานได้อย่างยอดเยี่ยม ด้วยการชนะรวด 7 นัด ก่อนจะไปพบกับสโมสรฟุตบอลมหาวิทยาลัยวงษ์ชวลิตกุล ในรอบชิงชนะเลิศ โดยการแข่งขันรอบชิงชนะเลิศ หลังจากเสมอกันในเวลาปกติ 1–1 สโมสรสามารถเอาชนะการดวลจุดโทษ ทำให้คว้าแชมป์ไปครอง และได้สิทธิเลื่อนชั้นไปแข่งขันในระดับไทยลีก 4 ซึ่งเป็นลีกอาชีพได้สำเร็จ

ไทยลีก 4

หลังจากได้เลื่อนชั้นขึ้นมาแข่งในระดับลีกอาชีพ สโมสรเปลี่ยนชื่อเป็น สโมสรฟุตบอลโคปูน วอริเออร์ และได้เช่าสนามกีฬาจังหวัดพระนครศรีอยุธยา เป็นสนามเหย้าของสโมสร โดยสโมสรลงแข่งขันในไทยลีก 4 โซนกรุงเทพและปริมณฑล

โดยสโมสรลงแข่งขันในระดับลีกอาชีพเป็นนัดแรกเมื่อวันที 12 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2560 ในนัดที่เสมอกับโดม เอฟซี 0–0 ที่สนามกีฬากลางจังหวัดพระนครศรีอยุธยา