สโมสรโดม เอฟซี ก่อตั้งขึ้นเมื่อราวเดือนธันวาคม 2557 โดยเป็นหนึ่งในโครงการพัฒนาฟุตบอลของมหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ ซึ่งได้มีการยื่นเรื่องให้กับสมาคมฟุตบอลแห่งประเทศไทยฯในการส่งทีมเข้าแข่งขันฟุตบอลดิวิชั่น 2 เมื่อปี 2556 แต่ไม่ผ่านการพิจารณา อย่างไรก็ตามสโมสรได้นำแผนดังกล่าวมาปรับปรุงและได้ยื่นเรื่องเสนอต่อสมาคมฟุตบอลอีกครั้งในปี 2557 และได้รับอนุมัติให้เข้าร่วมการแข่งขัน โดยอยู่ในโซนกรุงเทพและภาคกลาง[1]

แต่เดิม เคยการผลักดันของเหล่าศิษย์เก่าให้มีการตั้งสโมสรฟุตบอลอาชีพหลายปี แล้ว แต่ยังไม่ประสบความสำเร็จ เพราะยังไม่ได้หารือกันอย่างจริงจัง ซึ่งเมื่อปี 2552 ก็มีการนำแนวคิดตั้งสโมสรดังกล่าวเข้ามาพูดถึง หลังจากทีมมหาวิทยาลัยกรุงเทพฯ และ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย ประสบความสำเร็จในการพัฒนานักกีฬาฟุตบอล [2]

สโมสรโดม เอฟซี เป็นสโมสรฟุตบอลของชาวธรรมศาสตร์ มีเป้าหมายเพื่อพัฒนานักกีฬา ป้อนเข้าสู่ระดับชาติอย่างต่อเนื่อง ผ่านโครงการพัฒนากีฬาฟุตบอล โดยไม่ใช้นักกีฬาต่างชาติ และมีฐานแผนบอลอยู่รอบพื้นที่มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ ศูนย์รังสิต อ.คลองหลวง จ.ปทุมธานี และศิษย์เก่าทั่วประเทศ ผ่านการบริหารงานร่วมของมูลนิธิฟุตบอลธรรมศาสตร์ และศูนย์บริการการกีฬามหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์

สโมสรโดม เอฟซี มีสำนักงานตั้งอยู่ที่ ยิมเนเซียม 7, มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ ศูนย์รังสิต