ยุคเริ่มต้น

ในช่วงแรกสโมสรฟุตบอลในจังหวัดสมุทรสาคร ยังมีแค่สโมสรฟุตบอลระดับสมัครเล่น ได้แก่สโมสรสพล. สมุทรสาคร และ สโมสรฟุตบอลโรงเรียนสมุทรสาครวิทยาลัย ที่ในช่วงเวลานั้นยังลงแข่งขันในระดับฟุตบอลชิงถ้วยพระราชทานประเภท ง. ส่วนสโมสรฟุตบอลในระดับลีกอาชีพก็มีเพียงสโมสรฟุตบอลของโรงงานยาสูบ กระทรวงการคลัง อย่างทีทีเอ็ม สมุทรสาคร ซึ่งเคยมาใช้สนามกีฬาในจังหวัดสมุทรสาคร เป็นสนามเหย้าในการแข่งขันไทยพรีเมียร์ลีก ฤดูกาล 2552

ต่อมาเมื่อสโมสรทีทีเอ็ม สมุทรสาคร ได้ย้ายไปใช้สนามเหย้าที่จังหวัดพิจิตร ทำให้นายอุดร ไกรวัตนุสสรณ์ นายก อบจ.สมุทรสาคร ซึ่งดำรงตำแหน่งนายกสมาคมกีฬาแห่งจังหวัดสมุทรสาครในขณะนั้น มีแนวคิดจัดตั้งสโมสรฟุตบอลอาชีพของจังหวัดสมุทรสาครขึ้นมาในปี พ.ศ. 2553

หลังจากเกิดแนวคิดดังกล่าว จึงก่อตั้ง สโมสรฟุตบอลสมุทรสาคร เอฟซี ขึ้น โดยได้รับงบประมาณหลักจากสมาคมกีฬาแห่งจังหวัดสมุทรสาคร โดยมีนายกิจ มีศรีสุข อดีตโค้ชของ ทีทีเอ็ม เป็นหัวหน้าผู้ฝึกสอนคนแรก และส่งทีมเข้าร่วมการแข่งขันอย่างเป็นทางการในลีกภูมิภาค ดิวิชัน 2 ภาคกลางและภาคตะวันออก ฤดูกาล 2553 โดยใช้สนามกีฬาสถาบันการพลศึกษา วิทยาเขตสมุทรสาคร เป็นสนามเหย้า ซึ่งในการแข่งขันฤดูกาลแรกนี้ สโมสรได้ใช้ชื่อในการแข่งขันตามผู้สนับสนุนว่า สมุทรสาคร เจ.เค. และจบฤดูกาลด้วยอันดับที่ 5 รวมถึงได้มีโอกาสลงแข่งขันในฟุตบอลถ้วยรายการสำคัญอย่างไทยเอฟเอคัพ และไทยลีกคัพ

ฤดูกาล 2554 สโมสรได้ย้ายสนามเหย้าของทีมจากสนามกีฬาสถาบันการพลศึกษา วิทยาเขตสมุทรสาคร มาใช้สนามกีฬา อบจ.สมุทรสาคร ซึ่งมีความจุมากกว่า นอกจากนี้ยังเปลี่ยนหัวหน้าผู้ฝึกสอนเป็นนราศักดิ์ บุญเกลี้ยง โดยทีมมีผลงานดีขึ้นจนสามารถทำอันดับได้ใกล้เคียงกับการได้ไปแข่งขันรอบแชมเปียนส์ลีก โดยจบฤดูกาลด้วยอันดับที่ 3 และมีคะแนนตามหลังอันดับ 2 ซึ่งเป็นพื้นที่แชมเปียนส์ลีก 6 คะแนน

อย่างไรก็ตามในช่วงระหว่างฤดูกาล 2554 ได้เกิดเหตุการณ์วุ่นวายขึ้นในระหว่างการแข่งขันลีกภูมิภาค ดิวิชัน 2 เมื่อวันที่ 5 มิถุนายน พ.ศ. 2554 ที่สนามกีฬา อบจ.สมุทรสาคร ระหว่างสมุทรสาคร เอฟซี และอ่างทอง เอฟซี โดยผู้เล่นของทั้งสองทีม รวมถึงเจ้าหน้าที่และผู้เล่นสำรองได้ก่อเหตุทะเลาะวิวาทกันในช่วงระหว่างการแข่งขัน นอกจากนี้หลังจบการแข่งขันที่เสมอกัน 1–1 แฟนบอลของทั้งสองสโมสรยังเข้าตะลุมบอนกันจนเกิดความวุ่นวายขึ้น ซึ่งต่อมาจากเหตุดังกล่าวทำให้ มนตรี สาระแสน ผู้เล่นตำแหน่งกองกลางของสโมสรถูกลงโทษห้ามลงแข่งขันจนจบฤดูกาล และอานนท์ วงศ์จันทะ อีกหนึ่งผู้เล่นของสโมสรในตำแหน่งกองหลัง ถูกลงโทษห้ามลงแข่งขัน 6 นัด ส่วนสโมสรถูกฝ่ายจัดการแข่งขันปรับเงินพร้อมทั้งถูกลงโทษห้ามลงแข่งในสนามเหย้า 2 นัดจากเหตุความวุ่นวายที่เกิดขึ้น[1]

เหตุประธานสโมสรถูกฆาตกรรม

หลังการแข่งขันฤดูกาล 2554 จบลง ได้เกิดเหตุที่ทำให้เป็นข่าวตามสื่อทั่วทั้งประเทศขึ้น โดยในวันที่ 25 ธันวาคม พ.ศ. 2554 ที่ตำบลท่าทราย อำเภอเมือง จังหวัดสมุทรสาคร นายอุดร ไกรวัตนุสสรณ์ นายก อบจ.สมุทรสาคร ซึ่งดำรงตำแหน่งประธานสโมสรฟุตบอลสมุทรสาคร เอฟซี ในขณะนั้น ถูกอาวุธปืนยิงเข้าที่ศีรษะถึง 10 นัด และเสียชีวิตในที่เกิดเหตุ[2]

ต่อมาวันที่ 27 ธันวาคม พ.ศ. 2554 ผู้ก่อเหตุได้เดินทางมามอบตัวสู้คดี โดยคดีถึงที่สุดในชั้นศาลฎีกา โดยศาลได้พิพากษาถึงที่สุดให้จำคุกตลอดจำเลยตลอดชีวิต และชดใช้ค่าเสียหายจำนวน 13 ล้านบาท[3]

โดยหลังจากนายอุดร ไกรวัตนุสสรณ์ เสียชีวิต ทำให้ตำแหน่งประธานสโมสรว่างลง ต่อมานายอุดม ไกรวัตนุสสรณ์ น้องชายของนายอุดร ที่ในขณะนั้นดำรงตำแหน่งเป็นนายกสมาคมกีฬาแห่งจังหวัดสมุทรสาคร ได้ขึ้นเป็นประธานสโมสรชั่วคราวในฤดูกาล 2555

ท่ามกลางความวุ่นวายที่เกิดขึ้น สโมสรยังคงส่งทีมเข้าร่วมการแข่งขันลีกภูมิภาค ดิวิชัน 2 ฤดูกาล 2555 โดยทำการย้ายมาแข่งขันในโซนกรุงเทพและปริมณฑล และเนื่องจากปัญหาสภาพความพร้อมของทีมจึงไม่ได้ส่งทีมเข้าร่วมแข่งขันฟุตบอลถ้วยทั้งรายการไทยเอฟเอคัพ และไทยลีกคัพ เหมือนเช่น 2 ฤดูกาลที่ผ่านมา

ฤดูกาล 2556–2558

ฤดูกาล 2556 นายพลธนวิทย์ เจตสิทธิ์ ได้เข้ามาเป็นประธานสโมสรคนใหม่ โดยใช้ชื่อในการลงแข่งขันตามชื่อผลิตภัณฑ์ของผู้สนับสนุนหลักว่า เจนิฟู้ด สมุทรสาคร เอฟซี และย้ายมาลงแข่งขันในดิวิชั่น 2 โซนภาคกลางและตะวันตก แต่หลังจากเข้ามาดำรงตำแหน่งประธานสโมสรได้เพียงแค่ 4 เดือนนายพลธนวิทย์ ก็ลาออกจากตำแหน่งและคืนสิทธิในการบริหารให้กับสมาคมกีฬาแห่งจังหวัดสมุทรสาคร[4] โดยในฤดูกาล 2556 สโมสรจบฤดูกาลด้วยอันดับที่ 8

ฤดูกาล 2557 สโมสรเปลี่ยนประธานสโมสรอีกครั้ง โดยได้นายกิระวิศว์ พิทยภูวนันท์ เข้ามาเป็นประธานสโมสร

ฤดูกาล 2562

ฤดูกาล 2562 วันที่17 ธันวาคม2561 เวลา09.00น ณ.สโมสรฟุตบอล ไทยยูเนี่ยน สมุทรสาครเอฟซี นายกิระวิศว์ พิทยภูวนันท์ ประธานสโมสรฟุตบอลไทยยูเนี่ยน สมุทรสาคร เอฟซี หรือ ทีมสำเภาผยอง แถลงข่าวเปิดตัวผู้บริหารสโมสรชุดใหม่ ณ สนามกีฬากลางจังหวัดสมุทรสาคร โดยมี นายวิชัย ถีระปราโมทย์ รับตำแหน่ง รองประธานสโมสรฯ นายธนบวร สิริคุณากรกุล รับตำแหน่ง ผู้อำนวยการสโมสรฯ นายมนตรี เรียบร้อยเจริญ รับตำแหน่ง ผู้ช่วยผู้อำนวยการสโมสรฯ นายวุฒิพงษ์ โภชฌงค์ รับตำแหน่ง ผู้ช่วยผู้อำนวยการสโมสรฯ และนายยศกร ศิลาเกษ รับตำแหน่ง ผู้จัดการทีม[5][6][7][8]