สไตรค์กันดั้มเป็นกันดั้มเพียงเครื่องเดียวที่ไม่ได้ถูกซาฟท์ขโมยไปที่เฮลิโอโปลิส เนื่องจากนักบินเอซไพลอทที่ต้องขโมยสไตรค์กันดั้มนั้นถูกยิงตายก่อน ในช่วงเวลาที่คิระใช้งานสไตรค์ได้ต่อสู้กับซาฟท์อย่างต่อเนื่อง ซึ่งนอกจากกันดั้มที่ถูกชิงไปทั้งสี่เครื่องแล้วยังมีนักบินระดับเอซอย่าง มิเกล ไอน์แมน และ แอนดรูว์ วอลเฟลต์ จนกระทั่งสไตรค์กันดั้มได้รับความเสียหายอย่างหนักในการต่อสู้กับ อีจิสกันดั้ม ของ อัสรัน ซาล่า หลังจาก คิระ รอดชีวิต ได้พักรักษาตัวอยู่ที่บ้านของ ลักส์ ไคลน์แล้วลักส์ ไคลน์ให้ ฟรีด้อมกันดั้ม แก่คิระ

เมื่อระบบปฏิบัติการผ่านการปรับแต่งโดยคิระจนสมบูรณ์แล้ว สไตรค์กันดั้มซึ่งได้รับการซ่อมแซมโดยอาณาจักรอ็อบก็กลายเป็นโมบิลสูทประจำตัวของมูว์ ลา ฟลากา ยอดนักบินของพันธมิตรโลกแทน นอกจากนี้ยังมี MBF-02 สไตรค์รูจ ซึ่งเป็นสไตรค์กันดั้มของคางาริ ยูระ อัสฮาซึ่งสร้างจากอะไหล่ของสไตรค์กันดั้มที่อยู่ในยานคุซานางิ ซึ่งสไตรค์รูจนั้นสามารถปรับระดับพลังงานที่ใช้กับ PS ได้โดยระดับพลังงานที่ต่างกันจะมีสีและความทนทานที่ต่างกันไป โดยปกติแล้วสไตรค์รูจจะมีโทนสีชมพูแดงต่างจากสไตรค์ซึ่งเป็นโทนสีไตรรงค์ เนื่องจากติดตั้งพาวเวอร์เอ็กเทนเดอร์ซึ่งใช้เพิ่มพลังงานไว้ทำให้เกราะ PSใช้พลังงานได้มากกว่า กลุ่มพันธมิตรโลกยังได้ใช้ข้อมูลของสไตรค์กันดั้มพัฒนาเป็นโมบิลสูท แด็กเกอร์ซีรีส์

สไตรค์กันดั้มถูกทำลายเมื่อมูว์ ลา ฟลากาใช้สไตรค์กันดั้มรับการโจมตีจากปืนโลเอนกรีนของยานโดมิเนียนแทนยานอาร์คแองเจิ้ล ส่วนสไตรค์รูจได้รับความเสียหายอย่างหนักในภาคกันดั้มซี้ดเดสทินีจากการต่อสู้กับโมบิลสูทของซาฟท์ เมื่อคิระใช้สไตรค์รูจไปรับสไตรค์ฟรีด้อมกันดั้ม