โรคหนองในแท้ ถ้าไม่ได้รักษาเป็นระยะเวลาสัปดาห์หรือเดือนจะยิ่งมีความเสี่ยงที่มีผลแทรกซ้อนสูง หนึ่งในผลแทรกซ้อนของหนองในแท้คือ systemic dissemination มีผลต่อผิวหนังเป็นตุ่มหนองหรือจุดเลือดออก, septic arthritis, meningitis, endocarditis โรคเหล่านี้เกิดขึ้นระหว่าง 0.6 - 3.0% สำหรับผู้หญิง และ 0.4 - 0.7% สำหรับผู้ชาย

ในผู้ป่วยชาย การอักเสบของ epididymis(epididymitis), ต่อมลูกหมาก(prostatitis) และ urethral stricture(urethritis) สามารถเป็นผลจากการไม่ได้รักษาโรคหนองในแท้ ในผู้ป่วยหญิง ผลจากการไม่ได้รักษาที่พบบ่อยที่สุดคือ pelvic inflammatory disease ผลแทรกซ้อนอื่นได้แก่ perihepatitis ผลแทรกซ้อนที่พบยากได้แก่ Fitz-Hugh-Curtis syndrome; septic arthritis ที่นิ้ว ข้อมือ เท้า และข้อเท้า; septic abortion; chorioamnionitis during pregnancy; neonatal or adult blindness from conjunctivitis; และเป็นหมัน

ทารกแรกเกิดที่คลอดออกมาจะให้ erythromycin ointment ที่ตาทั้งสองข้างเพื่อป้องกันตาบอดจากการติดเชื้อ โรคหนองในแท้แฝงต้องได้รับการรักษา ถ้าทำได้อย่างนี้มักจะพยากรณ์โรคดี

ในประเทศสหรัฐฯประชากรอายุระหว่าง 14 - 39 ปี 46% ของผู้ป่วยที่เป็นหนองในแท้มักจะเป็นโรคติดเชื้อ chlamydia ร่วมด้วย