หนูถูกระบุว่า เป็นพาหะนำโรค 5 โรค [3] ได้แก่

1. กาฬโรค
2. โรคเลปโตสไปโรซีส หรือ โรคฉี่หนู
3. โรคสครับไทฟัส หรือไข้รากสาด
4. โรคทูลารีเมีย หรือโรคไข้กระต่าย
5. โรคพยาธิ เช่น พยาธิใบไม้ปอด พยาธิตัวกลม

โดยการขุดค้นทางซากดึกดำบรรพ์ที่เป็นฟันของหนูในแถบประเทศตะวันออกกลางที่ติดกับทะเลเมดิเตอร์เรเนียน พบว่า หนูได้คุกคามโดยเข้ามาอยู่ในชุมชนมนุษย์เพื่อคุ้ยหาอาหารตั้งแต่ยุคก่อนประวัติศาสตร์เป็นระยะเวลาไม่ต่ำกว่า 15,000 ปีมาแล้ว [4]