ถูกค้นพบครั้งแรกโดย William A. Neill เมื่อ พ.ศ. 2516 จับได้ในบริเวณเขาหินปูน บริเวณพุน้ำตก อำเภอแก่งคอย จังหวัดสระบุรี หลังจากนั้นอีก 2 ปี นายส่งศักดิ์ เย็นบุตร สามารถจับหนูตัวเมีย 1 ตัว ได้จากถ้ำเขาหินปูน บริเวณวัดถ้ำพระธาตุ อำเภอเมือง จังหวัดลพบุรี ในปี พ.ศ. 2518

ปัจจุบันตัวอย่างต้นแบบแรกของหนูขนเสี้ยนเขาหินปูน หมายเลข 54-3988 ได้เก็บรักษาไว้ที่ศูนย์รวบรวมตัวอย่างอ้างอิงทางชีววิทยา สถาบันวิจัยวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีแห่งประเทศไทย[1]