มีการค้นพบซากโครงกระดูกเมื่อปี ค.ศ. 2000 ว่าบรรพบุรุษของหนูตะเภา มีชื่อวิทยาศาสตร์ว่า Phoberomys pattersoni เป็นสัตว์ฟันแทะตัวขนาดเท่าควาย และมีน้ำหนักถึง 1,500 ปอนด์ (680 กิโลกรัม) มีอายุกว่า 8 ล้านปีมาแล้ว ที่ทวีปอเมริกาใต้ จนได้รับฉายาว่า "กินนี่-ซิลล่า"[3]

หนูตะเภา เปลี่ยนสถานะจากสัตว์ป่ามาเป็นสัตว์เลี้ยงระหว่าง 9,000-3,000 ปีก่อนคริสตกาล เพื่อใช้รับประทานของชาวอินคา ชนพื้นเมืองแถบเทือกเขาแอนดีส หนูตะเภา ถูกนำเข้าไปยังยุโรปโดยชาวสเปนและชาวดัตช์เมื่อกว่า 300 ปีแล้ว ขณะเข้าไปปกครองอเมริกาใต้ และนับจากนั้นมาหนูตะเภาก็ถูกเลี้ยงเป็นสัตว์เลี้ยง มีการคัดเลือกพันธุ์เพื่อให้ได้ลักษณะเฉพาะ และสีสันใหม่ ๆ เพื่อการประกวดมาอย่างต่อเนื่อง ในช่วงระหว่างและหลังคริสต์ศตวรรษที่ 16 หนูตะเภาเป็นที่นิยมมากในเหล่าขุนนางและชนชั้นสูงของยุโรป แม้กระทั่งสมเด็จพระราชินีเอลิซาเบธที่ 1 แห่งราชวงศ์อังกฤษ ก็ยังทรงเลี้ยงไว้ดูเล่น[1]

ในคริสต์ศตวรรษที่ 19 ชาวอังกฤษก็ได้อพยพมายังสหรัฐอเมริกา และได้นำเอาหนูตะเภาที่ได้เพาะพันธุ์และมีพัฒนาจนมีความสวยงาม ย้อนกลับเข้าไปในทวีปอเมริกาเหนือ จนเป็นที่นิยมมากขึ้นเรื่อย ๆ มาจนปัจจุบัน โดยได้มีการจัดตั้งสมาคมของผู้เลี้ยงหนูตะเภาขึ้นในปี ค.ศ. 1910 ที่รู้จักกันดีในนามของ สมาคมผู้เพาะพันธุ์เควี่แห่งอเมริกา (American Cavy Breeders Association หรือ ACBA) เพื่อควบคุมดูแลเรื่องเกี่ยวกับหนูตะเภาในสหรัฐอเมริกา ซึ่งเป็นองค์กรที่เป็นสาขาหนึ่งที่แตกออกมาจากสมาคมผู้เพาะพันธุ์กระต่ายแห่งอเมริกา (American Rabbit Breeders Association Inc.) ทุกวันนี้หนูตะเภาได้รับความนิยมและแพร่กระจายไปทั่วโลก[1]

ชาวพื้นเมืองอินคาในอเมริกาใต้ นำหนูตะเภามาเลี้ยงเป็นสัตว์เลี้ยงเพื่อใช้เนื้อของมันเป็นอาหารเพื่อประกอบพิธีกรรมทางศาสนา[1]มานานกว่า 5,000 ปีแล้ว ปัจจุบันชาวเปรูบริโภคหนูตะเภามากถึง 22 ล้านตัวต่อปี เพราะเนื้อหนูตะเภามีโปรตีนมากกว่าและไขมันน้อยกว่าเนื้อหมูหรือไก่ [4]