นอกจากองค์การหลักทั้ง 6 องค์กรแล้ว (ยกเว้นคณะมนตรีภาวะทรัสตีแห่งสหประชาชาติที่ได้ยุติการปฏิบัติงานในปี พ.ศ. 2537) ยังมีการตั้งหน่วยงานพิเศษของสหประชาชาติขึ้นมาทำหน้าที่พิเศษซึ่งเป็นไปตามกฎบัตรสหประชาชาติว่า องค์กรหลักของสหประชาชาติทั้ง 5 สามารถตั้งหน่วยงานพิเศษขึ้นมาเพื่อการทำงานในรูปแบบต่างๆ ได้หน่วยงานพิเศษที่ตั้งขึ้นมาจากองค์กรหลักของสหประชาชาติทั้ง 5 องค์กรนั้น หน่วยงานพิเศษบางหน่วยงานอาจจะไม่ได้ขึ้นกับองค์กรใดองค์กรหนึ่งของสหประชาชาติเพียงอย่างเดียว บางหน่วยงานพิเศษที่ก่อตั้งขึ้นมานั้นอาจจะขึ้นอยู่กับองค์กรที่มีมากกว่า 1 องค์กรก็ได้หรือก็ขึ้นอยู่กับทุกๆองค์กรในสหประชาชาติก็ได้ปัจจุบันหน่วยงานพิเศษของสหประชาชาติมีทั้งสิ้น 15 หน่วยงานพิเศษในเครือสหประชาชาติ รายชื่อหน่วยงานพิเศษในเครือสหประชาชาติมีดังนี้