เมื่อแรกสถาปนากรมการรักษาดินแดนในปี พ.ศ. 2491 กรมการรักษาดินแดนได้กำหนดให้ใช้เครื่องหมายราชการ "เป็นรูปพระมหามงกุฎคร่อมอุณาโลมและดาบไขว้" โดยได้ประกาศในราชกิจจานุเบกษาอย่างเป็นทางการเมื่อ พ.ศ. 2494 ตามประกาศสำนักนายกรัฐมนตรี เรื่อง กำหนดภาพเครื่องหมายราชการ ตามพระราชบัญญัติเครื่องหมายราชการ พุทธศักราช 2482 (ฉบับที่ 22) ลงวันที่ 5 มกราคม พ.ศ. 2494[4] ต่อมาจึงได้มีแก้ไขปรับปรุงดวงตรา โดยเพิ่มรัศมีที่ยอดพระมหามงกุฎและเพิ่มช่อชัยพฤกษ์โอบรอบเบื้องล่างของดวงตรา โดยไม่ปรากฏหลักฐานว่ามีการปรับปรุงแก้ไขเพิ่มเติมเมื่อใด

ในปี พ.ศ. 2549 หลังจากการแปรสภาพกรมการรักษาดินแดนและกรมการกำลังสำรองมาเป็นหน่วยบัญชาการกำลังสำรองได้ 5 ปี จึงได้มีการประกาศใช้เครื่องหมายราชการของหน่วยบัญชาการกำลังสำรองอย่างเป็นทางการ ตามประกาศสำนักนายกรัฐมนตรี เรื่อง กำหนดภาพเครื่องหมายราชการ ตามพระราชบัญญัติเครื่องหมายราชการ พุทธศักราช 2482 (ฉบับที่ 233) ลงวันที่ 5 กันยายน พ.ศ. 2549 ซึ่งกำหนดลักษณะของเครื่องหมายราชการดังกล่าวไว้ว่า "เป็นรูปพระมาตุลีเป่าแตรงอน ถืออินทรโองการ ประทับบนบัลลังก์เมฆสีขาวเหนือดาบโบราณไขว้กัน รองรับด้วยช่อชัยพฤกษ์ภายใต้อุณาโลมและพระมหามงกุฎรัศมีสีทอง เบื้องล่างมีแพรแถบปลายสะบัดขึ้นทั้ง 2 ข้าง กลางแพรแถบมีคำว่า “หน่วยบัญชาการกำลังสำรอง” ทั้งหมดบรรจุอยู่ภายในกรอบรูปวงรี (ไม่จำกัดขนาด)"[5]

หลังจากการแปรสภาพหน่วยบัญชาการกำลังสำรองเป็นหน่วยบัญชาการรักษาดินแดนในปี พ.ศ. 2552 จึงได้มีการปรับปรุงแบบภาพเครื่องหมายราชการอีกครั้ง และกำหนดรายละเอียดต่างๆ ให้ชัดเจนยิ่งขึ้น ตามความในประกาศสำนักนายกรัฐมนตรี เรื่อง กำหนดภาพเครื่องหมายราชการ ตามพระราชบัญญัติเครื่องหมายราชการ พุทธศักราช 2482 (ฉบับที่ 269) ลงวันที่ 6 สิงหาคม พ.ศ. 2555 ดังนี้

เครื่องหมายราชการหน่วยบัญชาการรักษาดินแดน เป็นรูปพระมาตุลีเป่าแตรงอนสีขาว ถือพระขรรค์ ประทับบนบัลลังก์เมฆสีขาวเหนือดาบโบราณไขว้กันสีเงิน ภายใต้อุณาโลมและพระมหามงกุฎรัศมีสีทอง ทั้งหมดบรรจุอยู่ภายในกรอบรูปวงรีสีน้ำเงิน (ไม่จำกัดขนาด) เบื้องล่างมีแพรแถบปลายสะบัดขึ้นทั้ง 2 ข้างสีน้ำเงิน กลางแพรแถบมีชื่อหน่วยเป็นตัวอักษรภาษาไทยสีขาวคำว่า "หน่วยบัญชาการรักษาดินแดน"[6]

• เครื่องหมายราชการของกรมการรักษาดินแดน (พ.ศ. 2494-2549)
• เครื่องหมายราชการของกรมการรักษาดินแดน ซึ่งมีการเพิ่มเติมรูปรัศมีพระมหามงกุฎและช่อชัยพฤกษ์
• เครื่องหมายราชการของกรมการรักษาดินแดน (พ.ศ. 2549-2552)
• เครื่องหมายราชการของหน่วยบัญชาการรักษาดินแดน (ตั้งแต่ พ.ศ. 2555 เป็นต้นมา)