หมู่บ้านป่าขนุนเดิมเป็นพื้นที่ป่าอุดมสมบูรณ์ เป็นพื้นที่ราบลุ่มจากดินตะกอนแม่น้ำพัดของแม่น้ำน่าน มีบุ่งน้ำหลายแห่ง คือบุ่งตาดำ, บุ่งตาด้วน และบุ่งตาสัก (ปัจจุบันเหลือเพียงบุ่งตาดำ) เดิมในแถบนี้ไม่มีผู้คนอยู่อาศัย จนในประมาณปี พ.ศ. 2395[3] เริ่มมีผู้คนโยกย้ายถิ่นฐานมาจับจองพื้นที่ จนกลายเป็นบริเวณหมู่บ้านป่าขนุนในปัจจุบัน โดยคนกลุ่มแรกที่ย้ายมาตั้งถิ่นฐานแถบนี้เล่ากันว่าคือกลุ่ม ขุนภูมิคุ้งตะเภา คือกลุ่มคนที่มีภูมิสถานสืบเชื้อสายดั้งเดิมมาจากหมู่บ้านคุ้งตะเภา อันเป็นหมู่บ้านเก่าแก่ที่สุดแห่งหนึ่งในลุ่มแม่น้ำน่านฝั่งขวาตอนบนรองจากเมืองฝาง (เมืองฝางสว่างคบุรี)

เชื่อกันว่าคนกลุ่มแรก ๆ ที่เข้ามาตั้งถิ่นฐานคือตระกูลของนายแกะ นายมิ่ง ที่สืบเชื้อสายตระกูลมีชำนะ สาเหตุที่เข้ามาตั้งบ้านเรือนทำไร่นาแถบนี้เพราะบริเวณหมู่บ้านป่าขนุนในสมัยนั้นเป็นป่าไม้อุดมสมบูรณ์ ดังปรากฏไม้ตะเคียนโบราณที่วัดป่าขนุน (วัดใหม่เจริญธรรม) ชักลากขึ้นมาจากแม่น้ำน่าน ที่มีขนาดใหญ่โตหลายคนโอบ บ่งบอกถึงความอุดมสมบูรณ์ของหมู่บ้านแห่งนี้ได้เป็นอย่างดี

หลังจากตั้งบ้านเรือนในแถบนี้ ชาวบ้านป่าขนุนก็ถือว่าตนเป็นคนคุ้งตะเภา มีการพบปะสังสรรค์ทำบุญกับชาวหมู่บ้านคุ้งตะเภาที่วัดคุ้งตะเภาในฐานะญาติพี่น้องเสมอมา จนมาในช่วงหลังบ้านเรือนแถบนี้มีมากขึ้น ทั้งจากคนภายนอกที่อพยพมาจากแห่งอื่นและคนในหมู่บ้านเอง และด้วยการที่สภาพของหมู่บ้านแถบนี้เหมาะแก่การตั้งหมู่บ้านใหม่ ทางการจึงได้แยกกลุ่มบ้านแถบนี้ออกตั้งเป็นหมู่บ้านใหม่ โดยใช้ชื่อหมู่บ้านว่า บ้านป่าขนุน เพราะเป็นคำเรียกที่เรียกกันมาแต่เดิม ที่นิยมเรียกแถบนี้ว่าป่าขนุน ตามลักษณะพื้นที่ที่มีต้นขนุนมาก เหมือนกับบ้านป่ากล้วยหรือบางโพ ที่มีต้นกล้วยหรือต้นโพธิ์ขึ้นเป็นกลุ่มจำนวนมากจนทำให้ชาวบ้านนิยมเรียกตำบลแถบนั้นตามลักษณะที่ปรากฏ

จนมาในปี พ.ศ. 2482 นายแกะ มีชำนะ ผู้ใหญ่บ้านป่าขนุน ได้ริเริ่มสร้างวัดประจำหมู่บ้านแห่งใหม่ แทนวัดคุ้งตะเภา ที่อยู่ไกลออกไปกว่ากิโลเมตร เพื่อความสะดวกในการทำบุญกุศล โดยมีการสร้างศาลาการเปรียญและกลุ่มกุฎิจำนวนหนึ่ง ซึ่งศาลาการเปรียญที่สร้างในครั้งนั้นก็ยังคงอยู่และใช้ทำกิจกรรมต่าง ๆ ของวัดและชุมชนมาตลอดมาจนถึงปัจจุบัน[4]