หมู่ฟังก์ชัน (อังกฤษ: functional groups) เป็นส่วนโครงสร้างย่อยของโมเลกุลที่มีองค์ประกอบและโครงสร้างเฉพาะตัว หมู่ฟังก์ชันมักเป็นตัวกำหนดการทำปฏิกิริยาและสมบัติทางเคมีอื่น ๆ ของโมเลกุลที่มีพวกมันเป็นส่วนประกอบตารางต่อไปนี้แสดงหมู่ฟังก์ชันนัลที่พบได้บ่อย ๆ ในวิชาเคมีอินทรีย์ สูตรโครงสร้างของหมู่ฟังก์ชันจะใช้สัญลักษณ์ R และ R' แทนกลุ่มของอะตอมใด ๆ ซึ่งโดยทั่วไปแล้วหมายถึงส่วนที่เหลือของโมเลกุลที่มีหมู่ฟังก์ชันนั้นเป็นส่วนประกอบnon-ionized
R−C (=O) O−
ionized
การรวมชื่อฟังก์ชันนัลกรุป เข้ากับชื่อสารประกอบหลัก อัลเคน (alkane) จะทำให้มีน้ำหนักในระบบการตั้งชื่อสารเคมี (systematic name) เพื่อใช้ตั้งชื่อ สารประกอบอินทรีย์อะตอมที่ไม่ใช่ไฮโดรเจนในฟังก์ชันนัลกรุป จะเชื่อมต่อซึ่งกันและกันแกบโมเลกุลที่ว่างด้วยโควาเลนต์ บอนด์ (covalent bond) แต่ถ้ากลุ่มของอะตอมเชื่อมต่อกับโมเลกุลว่างด้วยแรงไอออนิก (ionic forces) กลุ่มของอะตอมนั้นจะถูกเรียกว่า พอลิอะตอมิก ไอออน (polyatomic ion) หรือ คอมเพล็ก ไอออน (complex ion) และทั้งหมดนี้จะถูกเรียกว่าอนุมูลทางเคมี (radical) หรือ อนุมูลอิสระ (free radical)คาร์บอนตัวแรกหลังคาร์บอนที่ติดกับฟังก์ชันนัลกรุปจะเรียกว่า แอลฟ่า คาร์บอน