หลังคาเขียวที่ออกแบบและก่อสร้างถูกต้องจะตกประมาณตั้งแต่ 50 ดอลลาร์สหรัฐ (ในยุโรป) ไปจนถึง 350 ดอลลาร์สหรัฐ (อย่างสูงในสหรัฐ) ต่อตารางเมตร ค่าก่อสร้างมากน้อยขึ้นอยู่กับชนิดของหลังคาอาคาร และชนิดของพืชพรรณที่สามารถขึ้นได้ในวัสดุที่อยู่บนหลังคา จอร์ก บรูนิงได้กล่าวถึงปัญหาเรื่องลมและไฟบนหลังคาเขียวแบบปล่อย รวมทั้งวิธีที่บริษัทประกันเยอรมันจัดการกับหลังคาเขียวแบบปล่อยไว้ในบทความของเขาในหน้า 12 ของ “วาสารกรีนรูฟอินฟราสตรักเจอร์มอนิเตอร์” ของเว็บไซต์ หลังคาเขียวเพื่อสุขภาพของเมือง

ค่าใช้จ่ายบางส่วนอาจขึ้นอยู่กับการดูแลรักษา หลังคาเขียวแบบปล่อยมีค่าดูแลรักษาต่ำแต่ก็ไม่ได้หมายความว่าจะไม่ต้องดูแล นักวิจัยเยอรมันได้วิเคราะห์หาตัวเลขเวลาที่จำเป็นต้องใช้ในการจัดการกับวัชพืชที่ไม่ต้องการออกมาโดยประมาณได้ 0.1 นาที/(ตารางเมตร*ปี)[15]ค่าใช้จ่ายรวมค่าใส่ปุ๋ยเพื่อเพิ่มดอกและการคลุมของพืชอวบน้ำ แต่ถ้าไม่ต้องการหรือไม่จำเป็นต้องมีความสวยงามก็ไม่ต้องมีการดูแลและใส่ปุ๋ย ปุ๋ยที่จะใช้กับหลังคาเขียวจำเป็นต้องเป็นชนิดควบคุมการละลายเพื่อป้องกันมลภาวะกับน้ำฝนที่ระบายออกมาสู่ระบบสาธารณะ ไม่ควรใช้ปุ๋ยชนิดธรรมดากับพืชพรรณของหลังคาเขียวแบบปล่อย [16][17] การศึกษาของเยอรมันดังกล่าวได้ประมาณการความต้องการธาตุอาหารสำหรับพืชพรรณหลังคาเขียวไว้ที่ 5 กรัมไนโตรเจน/ตารางเมตร และที่สำคัญยิ่งคือ จะต้องใช้สารตั้งต้นชนิดที่ไม่อุ้มสารอาหารได้มาก แนวทาง FLL ได้กำหนดส่วนประกอบสารอาหารมากสุดที่ยอมให้ได้สำหรับสารตั้งต้นไว้แล้ว[18].