ในวันที่ 23 เมษายน พ.ศ. 2545 กองทัพเรือได้รับมอบหมายให้ดำเนินการก่อสร้างอาคารหอประชุมขนาดใหญ่ ภายในพื้นที่กรมสารวัตรทหารเรือ และปรับปรุงต่อเติมอาคารราชนาวิกสภา เนื่องจากเป็นพื้นที่ที่มีภูมิทัศน์ริมฝั่งแม่น้ำเจ้าพระยาที่งดงาม อยู่ตรงข้ามกับหมู่พระมหาปราสาท และพระบรมมหาราชวัง ซึ่งมีคุณค่าทางสถาปัตยกรรมและศิลปวัฒนธรรม เพื่อใช้เป็นสถานที่สำหรับจัดงานเลี้ยงอาหารค่ำและชมกระบวนเรือพระราชพิธี ของผู้นำเขตเศรษฐกิจ จำนวน 21 ประเทศ และผู้เข้าร่วมประชุมเอเปค 2003 รวมทั้งผู้บริหารภาครัฐ และภาคเอกชนทั้งในประเทศและต่างประเทศ

โดยกระทรวงกลาโหมได้อนุมัติเมื่อวันที่ 3 กรกฎาคม พ.ศ. 2545 ให้กองทัพเรือดำเนินการว่าจ้าง บริษัท ถิรสิทธิ์ จำกัด ในการก่อสร้างอาคารหอประชุมกองทัพเรือ เป็นเงินจำนวน 305,109,000.03 บาท ซึ่ง กองทัพเรือ ได้มอบอำนาจให้ พลเรือโทพีรศักดิ์ วัชรมูล ผู้ช่วยเสนาธิการทหารเรือ ฝ่ายยุทธบริการ (ในขณะนั้น) เป็นผู้แทนกองทัพเรือในการลงนามในสัญญาจ้างก่อสร้างดังกล่าว เมื่อวันที่ 8 กรกฎาคม และเริ่มงานก่อสร้างทันทีในวันรุ่งขึ้น และในวันที่ 19 กรกฎาคม โดยพลเอกชวลิต ยงใจยุทธ รองนายกรัฐมนตรี และรัฐมนตรีว่าการกระทรวงกลาโหมในขณะนั้น ได้วางศิลาฤกษ์อาคาร หอประชุมกองทัพเรือก่อสร้างแล้วเสร็จเมื่อวันที่ 17 กันยายน พ.ศ. 2546 และมีพิธีเปิดในวันที่ 24 กันยายน ปีเดียวกัน โดยพลเอกชวลิตเป็นประธานในพิธี