ผู้ค้นพบเอกสารนักฮัมมาดีเป็นกรรมกรรับจ้างทำไร่ชาวเบดูอิน 7 คน เข้าไปขุดปุ๋ยไนเตรตใกล้กับหน้าผาจามาล อัล-ทารีฟ ขณะที่ขุดพบไหฝังอยู่ใกล้กับหัวกะโหลกคน เมื่อทุบไหแตกเห็นหนังสือจึงนำไปเก็บไว้ ต่อมาได้นำหนังสือไปฝากกับนักบวชนิกายคอปติก ญาติของนักบวชผู้นี้ที่เป็นครูสอนประวัติศาสตร์นำหนังสือนี้ไปขายให้พิพิธภัณฑ์คอปติก ต่อมาพิพิธภัณฑ์ได้ตามซื้อหนังสือชุดนี้มาเก็บไว้จนครบ