สภาพภายในห้องปฏิบัติการบางแห่งนั้นไม่ได้อันตรายไปกว่าห้องอื่นๆ ทว่าในห้องแล็บบางที่นั้นอาจมีอันตรายอยู่ โดยอันตรายในห้องปฏิบัติการนั้นมีหลายแบบข้ึนอยู่กับสิ่งที่ถูกศึกษาในห้องแล็บ เหล่านั้นอาจรวมไปถึงพิษ จุลชีพก่อโรค วัตถุไวไฟ สารที่ระเบิดได้ หรือวัสดุการสลายให้กัมมันตรังสี  เครื่องจักร อุณหภูมิสูงหรือต่ำมาก เลเซอร์ สนามแม่เหล็กแรงสูง หรือ ไฟฟ้าแรงสูง ในห้องปฏิบัติการซึ่งอาจมีอันตราย การระมัดระวังเป็นสิ่งสำคัญ กฎในห้องปฏิบัติการนั้นถูกกำหนดขึ้นเพื่อลดความเสี่ยง และอุปกรณ์ป้องกันส่วนบุคคลถูกใช้เพื่อปกป้องผู้ใช้ห้องปฏิบัติการจากการบาดเจ็บหรือเพื่อช่วยขณะเกิดเหตุการณ์ฉุกเฉิน 

สำนักงานบริหารงานความปลอดภัยและอาชีวอนามัย(OSHA) ในสหรัฐอเมริกาซึ่งเห็นถึงลักษณะพิเศษของการทำงานในห้องปฏิบัติการ ได้สร้างมาตรฐานสำหรับความเสี่ยงต่อสารเคมีอันตรายในห้องปฏิบัติการ โดยปกติแล้วมาตรฐานนี้ถูกเรีกยวา "มาตราฐานห้องปฏิบัติการ" ภายใต้มาตราฐานนี้ ห้องปฏิบัติการต้องสร้าง แผนสุขอนามัยสารเคมี (CHP) ซึ่งจัดการกับอันตรายเฉพาะจุดและวิธีควบคุมอันตรายเหล่านั้น