เมื่อปี ค.ศ. 1952 คณะโอเอ็มเอฟ (OMF International) ได้เข้ามาประกาศพระกิตติคุณในประเทศไทย ใน 8 จังหวัดภาคกลาง ได้แก่ อุทัยธานี, ชัยนาท, นครสวรรค์, พิจิตร, อ่างทอง, สิงห์บุรี และลพบุรี จากนั้นได้ขยายไปที่ภาคเหนือ ประกาศกับพี่น้องชาวเขาเผ่าต่าง ๆ ได้แก่ ม้ง, อิ้วเมี่ยน, อาข่า, กะเหรี่ยง, ลีซู, ลาฮู และไทใหญ่

และในปี ค.ศ. 1953 ได้เริ่มประกาศใน 4 จังหวัดภาคใต้ ได้แก่ สงขลา, ยะลา, ปัตตานี และนราธิวาส เวลาต่อมา ในปี ค.ศ. 1966 จึงได้เริ่มประกาศในกรุงเทพมหานคร มีคริสตจักรเริ่มเกิดขึ้นในหลายที่หลายแห่ง คณะโอเอ็มเอฟ จึงมีความปรารถนาที่จะเห็นคริสตจักรเหล่านี้รับผิดชอบ ตัดสินใจ ดูแลกันเองมากยิ่งขึ้น ดังนั้น คริสตจักรในแต่ละภาคดังกล่าวข้างต้น จึงได้รวมตัวกันขึ้นเป็นคริสตจักรสัมพันธ์ภาค และเมื่อแข็งแรงขึ้นก็ได้แบ่งการบริหารออกเป็นเขต ๆ ตามความเหมาะสม และสะดวกในการบริหารงานในด้านต่าง ๆ

เมื่อประมาณปี ค.ศ. 1980 คริสตจักรสัมพันธ์แต่ละภาค มีความปรารถนาที่จะมีการสัมพันธ์กับภาคอื่น ๆ ด้วย จึงได้ส่งตัวแทนไปเยี่ยมเยียนซึ่งกันและกัน และเมื่อได้ทำการปรึกษาหารือกัน ในระยะเวลาอันพอสมควรแล้ว จึงได้มีการตกลงร่วมกัน ที่จะมีความสัมพันธ์กันอย่างแน่นแฟ้นมากขึ้น จึงได้มีการจัดตั้งเป็น “คริสตจักรสัมพันธ์ในประเทศไทย” ขึ้น ในปี ค.ศ. 1983 ต่อมา จึงขอสมัครเข้าเป็นสมาชิกสหกิจคริสเตียนแห่งประเทศไทย ประเภทสมาชิกองค์การภายในประเทศ เมื่อวันที่ 3 กันยายน ค.ศ. 1986 โดยใช้ชื่อว่า องค์กรคริสตจักรสัมพันธ์ในประเทศไทย

ในปัจจุบัน องค์กรคริสตจักรสัมพันธ์ในประเทศไทย มีคริสตจักรทั้งหมด 250 แห่ง แบ่งออกเป็น 13 ภาค สถานประกาศทั้งหมด 21 แห่ง มีหน่วยงานและสถาบันอีก 27 แห่ง