จำนวนหมู่บ้านในเขตองค์การบริหารส่วนตำบลปากนคร มีทั้งหมด 6 หมู่บ้าน คือ

• หมู่ที่ 1 บ้านปากนํ้าปากนคร
• หมู่ที่ 2 บ้านปากนครบน
• หมู่ที่ 3 บ้านนางพระยา
• หมู่ที่ 4 บ้านโคกข่อย
• หมู่ที่ 5 บ้านคันธง
• หมู่ที่ 6 บ้านคลองขุด
• หมายเหตุ : หมู่ที่ 1 บ้านปากนํ้าปากนคร ทั้งหมู่บ้าน และหมู่ที่ 6 บางส่วน อยู่ในเขตปกครองของเทศบาลตำบลปากนคร