ในอดีตท้องที่ตำบลศีรษะจรเข้น้อยเป็นพื้นที่น้ำเค็มท่วมถึง มีจระเข้อาศัยอยู่ในพื้นที่เป็นจำนวนมาก ภายหลังสภาพท้องที่ได้เปลี่ยนไป ลำคลองตื้นเขินขึ้น เคยมีการขุดพบหัวของจระเข้ในแถบนี้ด้วย เมื่อมีการตั้งเป็นตำบลจึงได้ชื่อว่า "ตำบลศีรษะจรเข้ใหญ่" และ "ตำบลศีรษะจรเข้น้อย" ซึ่งมีพื้นที่อาณาเขตติดต่อกัน โดยอยู่ภายใต้เขตการปกครองส่วนภูมิภาคระดับอำเภอ คืออำเภอบางพลี จังหวัดสมุทรปราการ และแยกออกมาเป็นอำเภอบางเสาธงในปัจจุบัน