องค์การปกครองกรุงโตเกียว (ญี่ปุ่น: 東京都庁) คือส่วนราชการท้องถิ่นของกรุงโตเกียว ซึ่งถือเป็นหนึ่งในสี่สิบเจ็ดจังหวัดของประเทศญี่ปุ่น องค์การปกครองกรุงโตเกียวมีฝ่ายบริหารคือผู้ว่าราชการกรุงโตเกียว และมีฝ่ายนิติบัญญัติคือสภากรุงโตเกียว ซึ่งล้วนมาจากการเลือกตั้งทางตรง ที่ทำการขององค์การฯอยู่ที่ศาลาว่าการกรุงโตเกียวองค์การปกครองกรุงโตเกียวถือเป็นองค์การปกครองส่วนท้องถิ่นที่มีงบประมาณมหาศาลในระดับสิบล้านล้านเยน ซึ่งใหญ่กว่าขนาดเศรษฐกิจของหลายประเทศ นอกจากนี้ องค์การฯยังมีเจ้าหน้าที่กว่าหนึ่งแสนหกหมื่นคน ซึ่งมากกว่าเจ้าหน้าที่รัฐของหลายประเทศ[1] ด้วยเหตุนี้ ผู้ว่าราชการกรุงโตเกียวจึงมีอิทธิพลพอสมควรต่อเศรษฐกิจญี่ปุ่น[2]สภากรุงโตเกียว (東京都議会) ประกอบด้วยสมาชิก 127 คนจาก 42 เขตเลือกตั้ง สมาชิกสภามีวาระดำรงตำแหน่งคราวละสี่ปี ไม่จำกัดวาระ หนึ่งสมัยประชุมให้มีสี่ครั้ง ครั้งละสามสิบวัน สภากรุงโตเกียวมีหน้าที่ให้ความเห็นชอบร่างงบประมาณรายจ่ายประจำปี ตลอดจนแต่งตั้งข้าราชการตำแหน่งสำคัญ เช่น รองผู้ว่าราชการกรุงโตเกียว