อผศ. จัดแบ่งส่วนงานเป็น 2 ส่วน คือ ส่วนกลาง และส่วนภูมิภาค

เป็นส่วนอำนวยการทั่วไปในการดำเนินงานของทั้งส่วนกลางและส่วนภูมิภาค สำนักงานใหญ่ตั้งอยู่ตรงข้ามโรงพยาบาลพระมงกุฎเกล้า ถนนราชวิถี แขวงทุ่งพญาไท เขตราชเทวี กรุงเทพมหานคร ทำหน้าที่ให้การสงเคราะห์แก่ทหารผ่านศึก ครอบครัวทหารผ่านศึก และทหารนอกประจำการ ที่มีภูมิลำเนาอยู่ในกรุงเทพมหานครและจังหวัดใกล้เคียง คือ นนทบุรี ปทุมธานี สมุทรปราการ สมุทรสาคร และนครปฐม โดยจัดแบ่งส่วนงาน ดังนี้

1. สำนักผู้อำนวยการองค์การสงเคราะห์ทหารผ่านศึก
2. สำนักงานเลขานุการ ประกอบด้วย กองกลาง กองกฎหมาย และกองการประชุมและพิธีการ
3. ฝ่ายนโยบายและแผน ประกอบด้วย กองกำลังพล กองประชาสัมพันธ์ กองแผนและวิชาการ ศูนย์กรรมวิธีข้อมูล และศูนย์สนับสนุนการฝึกอบรมองค์การสงเคราะห์ทหารผ่านศึก
4. ฝ่ายปลัดบัญชี ประกอบด้วย กองการเงิน กองบัญชี และกองบริหารและควบคุม
5. ฝ่ายส่งกำลังบำรุง ประกอบด้วย กองบริการ กองการพัสดุ และกองก่อสร้าง
6. ฝ่ายสวัสดิการสงเคราะห์ ประกอบด้วย กองสวัสดิการ กองทุนสงเคราะห์ กองการฌาปนกิจสงเคราะห์ และศูนย์บัตรประจำตัว
7. ฝ่ายอาชีวสงเคราะห์ ประกอบด้วย กองอาชีพ และกองนิคมเกษตรกรรม
8. กองตรวจสอบภายใน
9. โรงพยาบาลทหารผ่านศึก ประกอบด้วย กองคลัง กองกลาง กองบริการ กองเวชศาสตร์ชันสูตร กองเวชศาสตร์ฟื้นฟูและออร์โธปิดิคส์ กองอายุรกรรม กองศัลยกรรม กองทันตกรรม กองเภสัชกรรม และกองการพยาบาล

เป็นสำนักงานสาขา 24 หน่วย ทำหน้าที่ในการสงเคราะห์แก่ทหารผ่านศึก ครอบครัวทหารผ่านศึก และทหารนอกประจำการ ที่มีภูมิลำเนาตามจังหวัดต่าง ๆ ในส่วนภูมิภาคทั่วประเทศ เพื่อให้ได้รับการสงเคราะห์โดยสะดวกทั่วถึงกัน เรียกชื่อว่า “สำนักงานสงเคราะห์ทหารผ่านศึกเขต” โดยตั้งอยู่ในจังหวัดใดก็ใช้ชื่อจังหวัดนั้นเรียกต่อท้าย ทุกเขตจะมีฐานะเท่ากันและขึ้นตรงต่อผู้อำนวยการ ดังนี้

1. สำนักงานสงเคราะห์ทหารผ่านศึกเขตลพบุรี
2. สำนักงานสงเคราะห์ทหารผ่านศึกเขตสุพรรณบุรี
3. สำนักงานสงเคราะห์ทหารผ่านศึกเขตราชบุรี
4. สำนักงานสงเคราะห์ทหารผ่านศึกเขตปราจีนบุรี
5. สำนักงานสงเคราะห์ทหารผ่านศึกเขตชลบุรี
6. สำนักงานสงเคราะห์ทหารผ่านศึกเขตจันทบุรี
7. สำนักงานสงเคราะห์ทหารผ่านศึกเขตนครราชสีมา
8. สำนักงานสงเคราะห์ทหารผ่านศึกเขตสุรินทร์
9. สำนักงานสงเคราะห์ทหารผ่านศึกเขตอุบลราชธานี
10. สำนักงานสงเคราะห์ทหารผ่านศึกเขตขอนแก่น
11. สำนักงานสงเคราะห์ทหารผ่านศึกเขตอุดรธานี
12. สำนักงานสงเคราะห์ทหารผ่านศึกเขตสกลนคร
13. สำนักงานสงเคราะห์ทหารผ่านศึกเขตนครสวรรค์
14. สำนักงานสงเคราะห์ทหารผ่านศึกเขตพิษณุโลก
15. สำนักงานสงเคราะห์ทหารผ่านศึกเขตตาก
16. สำนักงานสงเคราะห์ทหารผ่านศึกเขตน่าน
17. สำนักงานสงเคราะห์ทหารผ่านศึกเขตลำปาง
18. สำนักงานสงเคราะห์ทหารผ่านศึกเขตเชียงราย
19. สำนักงานสงเคราะห์ทหารผ่านศึกเขตเชียงใหม่
20. สำนักงานสงเคราะห์ทหารผ่านศึกเขตชุมพร
21. สำนักงานสงเคราะห์ทหารผ่านศึกเขตนครศรีธรรมราช
22. สำนักงานสงเคราะห์ทหารผ่านศึกเขตสงขลา
23. สำนักงานสงเคราะห์ทหารผ่านศึกเขตปัตตานี
24. สำนักงานสงเคราะห์ทหารผ่านศึกเขตกระบี่