องค์การสวนพฤกศาสตร์ เป็นรัฐวิสาหกิจที่มีรายได้หลักจากการดำเนินงานศูนย์ฝึกอบรม ประมาณ 8.7 ล้านบาท รองลงมาคือ รายได้จากค่าเข้าชมสวนพฤกศาสตร์ ประมาณ 3.1 ล้านบาท ในปี พ.ศ. 2552 มีกำไรสุทธิรวมทั้งสิ้น 10.8 ล้านบาท[6] แต่งบประมาณในการบริหารงานองค์การฯ มาจากเงินงบประมาณอุดหนุนของรัฐจำนวนกว่า 146.9 ล้านบาท

องค์การสวนพฤกษศาสตร์ มีบุคลากรในสังกัดจำนวน 547 คน (ณ ปี พ.ศ. 2553) ส่วนใหญ่เป็นลูกจ้างชั่วคราว/ลูกจ้างโครงการ โดยมีพนักงาน/ลูกจ้างประจำเพียง 95 คน (ร้อยละ 17)