หมู่เมทิลของอะลานีนไม่ว่องไวต่อปฏิกิริยา ดังนั้น มันจึงมักที่จะไม่เกี่ยวข้องโดยตรงกับหน้าที่ของโปรตีน อย่างไรก็ตาม อะลานีนมีบทบาทสำคัญในการจดจำหรือความจำเพาะต่อซับเสตรต โดยเฉพาะอย่างยิ่งกับอะตอมอื่นๆไม่ว่องไวต่อปฏิกิริยาเช่นกัน เช่น คาร์บอน นอกจากนี้ อะลานีนยังถูกนำไปใช้ใน alanine cycle ในการสร้างกลูโคสจากโปรตีน