แอนแห่งเดนมาร์กทรงให้กำเนิดพระโอรส-ธิดาจำนวนทั้งสิ้น 7 พระองค์ผู้ซึ่งมีพระชนม์พ้นวัยเด็ก ซึ่งมีสี่พระองค์ซึ่งสิ้นพระชนม์ในวัยทารกหรือในวัยเด็กตอนต้น;[132] นอกจากนี้พระนางยังทรงตกพระโลหิตพระโอรส-ธิดาถึงสามครั้ง[79] พระโอรสพระองค์ที่สองเป็นพระมหากษัตริย์สืบต่อจากสมเด็จพระเจ้าเจมส์ คือ สมเด็จพระเจ้าชาร์ลส์ที่ 1 พระธิดา เอลิซาเบธ ทรงเป็นอัยยิกาในสมเด็จพระเจ้าจอร์จที่ 1 แห่งบริเตนใหญ่

1. เฮนรี เฟรเดอริค เจ้าชายแห่งเวลส์ (19 กุมภาพันธ์ ค.ศ. 1594–6 พฤศจิกายน ค.ศ. 1612). สิ้นพระชนม์ อาจเนื่องมาจากไข้รากสาดน้อย เมื่อมีพระชนมายุได้ 18 พรรษา[133]
2. เอลิซาเบธ สจวต (19 สิงหาคม ค.ศ. 1596 – 13 กุมภาพันธ์ ค.ศ. 1662). เสกสมรสในปี ค.ศ. 1613 กับฟรีดริชที่ 5 เจ้าชายอีเล็คเตอร์แห่งพาเลไทน์ ทรงดำรงพระอิสริยยศเป็นเจ้าหญิงอีเล็คเตรสแห่งพาเลไทน์ และ สมเด็จพระราชินีแห่งโบฮีเมีย สวรรคตเมื่อมีพระชนมายุ 65 พรรษา
3. มาร์กาเร็ต สจวต (24 ธันวาคม ค.ศ. 1598-มีนาคม ค.ศ. 1600). สิ้นพระชนม์เมื่อมีพระชนมายุ 15 เดือนพระศพถูกฝังไว้ที่พระราชวังโฮลีรูด
4. สมเด็จพระเจ้าชาร์ลส์ที่ 1 แห่งอังกฤษ (19 พฤศจิกายน ค.ศ. 1600 – 30 มกราคม ค.ศ. 1649). เสกสมรสในปี ค.ศ. 1625 กับเฮนเรียตตา มาเรีย ทรงถูกสำเร็จโทษเมื่อมีพระชนมายุได้ 49 พรรษา
5. โรเบิร์ต สจวต ดยุกแห่งคินไทร์ (18 มกราคม -27 พฤษภาคม ค.ศ. 1602) สิ้นพระชนม์เมื่อมีพระชนมายุได้ 4 เดือน[134]
6. แมรี สจวต (8 เมษายน ค.ศ. 1605-16 ธันวาคม ค.ศ. 1607) สิ้นพระชนม์เมื่อมีพระชนมายุ 2 พรรษา
7. โซเฟีย สจวต (22– 23 มิถุนายน 1606) ประสูติและสิ้นพระชนม์ในพระราชวังกรีนิช[135]